Río Segura Sierra de la Pila Ajauque
En el norte se localizan las zonas más montañosas del municipio en las que predominarán las formaciones de matorral de romero y brezo, salpicados por bosques de pinos carrascos.
Otro entorno natural importante dentro del municipio está formado por el cauce y ribera del Río Segura, donde predominan los cultivos hortícolas.
Pero el paisaje más abundante y dominador es el de las tierras áridas y llanas, surcadas por un gran número de barrancos y ramblas que le confieren un aspecto desértico, de gran belleza en algunas zonas.
El municipio cuenta con dos importantes espacios protegidos cuyos límites se encuentran, en parte, dentro del territorio municipal de Molina de Segura. Son el Parque Regional de la Sierra de la Pila (al norte del municipio) y el Paisaje Protegido Humedal de Ajauque y Rambla Salada (al oeste del municipio). Ambos son representativos de los distintos ambientes naturales que se pueden disfrutar dentro de los límites del territorio de Molina de Segura.
Otras zonas naturales de interés situadas en el término municipal son la Cañada de las Salinas, rambla de abundante vegetación y gran humedal donde se localiza la fuente de Setenil; la Vereda de la Rambla del Carrizalejo, en la pedanía de Comala; y la Rambla de Las Canteras, que forma parte del paraje El Chorrito.