El Museo dedica parte de su exposición a un completo módulo relacionado con la construcción naval y la navegación, donde se muestra la evolución histórica y tecnológica de los viajes marítimos, así como curiosidades relacionadas con las costumbres, religiones y tradiciones de los antiguos pueblos.
Este bloque temático muestra la réplica de la sección de cuatro barcos, el barco de época fenicia Mazarrón-2, un carguero mercante griego (excavado en cala San Vicens, Mallorca), un barco mercante romano (el hallado en Laurons, Francia) y una nao medieval (barco de Castil Davante, Italia). Se reproducen fielmente las características estructurales y el cargamento a partir del estudio de los pecios conservados.
El Museo trabaja desde finales de los años 80 en los restos de dos pequeñas embarcaciones halladas en la Playa de la Isla, cerca de Mazarrón, que suponen el yacimiento subacuático de época fenicia más importante del Mediterráneo occidental. Los restos, datados a finales del siglo VII a.C., son los más antiguos de una embarcación fenicia que se conservan en el Mediterráneo.
En 1993 se excavó el primer barco, incompleto, y en sus inmediaciones se hallaron restos de su cargamento. En el Museo se exponen algunos de los restos recuperados de este barco, como la quilla, varios fragmentos de cuadernas, tracas y parte de una de las bordas del barco. Para su recuperación, se envolvieron los restos en moldes de silicona apta para el trabajo subacuático, como protección a su traslado, y todo ello a su vez envuelto en resina de poliéster.
Entre 1999 y 2000 se excavó un segundo barco fenicio, Mazarrón-2, que conservaba todavía el ancla junto a la proa, y su cargamento interior, compuesto por un ánfora de cerámica, un cesto de minero, un molino de mano de granito y un conjunto de tortas de mineral de plomo, junto al abarrote (conjunto de ramas entrelazadas empleado para la estiba del cargamento). Este barco, construido hace más de 2.600 años, está casi completo y tiene una eslora de 8,10 metros, una manga de 2,25 metros y un puntal aproximado de 1,10 metros.
Para garantizar la correcta conservación, los restos del barco Mazarrón-2 permanecen conservados in situ bajo el agua, con una estructura metálica diseñada para su protección. Los materiales del cargamento y algunas partes de su estructura se han incorporado a la exposición.