El azote berberisco
La Edad Moderna en el Mar Menor vino marcada por los daños en vidas y haciendas, generados por las incursiones de piratas procedentes del Norte de África, los cuales provocaron una despoblación importante durante el siglo XVI. El más famoso fue el ataque del corsario Morato Arráez, que sembró el terror en la zona a comienzos del siglo XVII. Para paliar el peligro berberisco, el rey Felipe II y el concejo de Murcia ordenaron la construcción de torres defensivas en la costa.
Los primeros asentamientos estables
La repoblación continúa en los siglos XVI y XVII. Una parte del amplio paraje conocido como La Calavera y La Grajuela fue distribuido por el concejo murciano entre regidores e instituciones eclesiásticas. En el siglo XVII ya se aprecia la aparición de los núcleos menores, aldeas y caseríos de alguna concentración, surgidos preferentemente junto a los recursos hídricos (pozos, balsas y aljibes, la mayoría de ellos propiedad del concejo de Murcia). Este período se caracteriza por el aumento del vecindario y, principalmente, por la aparición de núcleos de población concentrada, aunque prosiga el asentamiento de estirpes en casas-labranzas aisladas.
Al finalizar esta centuria, ya se conocen y explotan todas las tierras del Campo y Ribera murcianos, encontrándose ya poblados con los perfiles y características que actualmente se distinguen. Nuevas ermitas se construyen en este tiempo que atraen hacia sus inmediaciones a la población, como las de San Cayetano, San Pedro del Pinatar, Nuestra Señora de los Dolores, San Francisco Javier y la de La Encañizada.
La ermita y caserío de San Francisco Javier
San Francisco Javier, apóstol de Oriente, se hizo popular como santo protector contra las fiebres terciarias o palúdicas, muy frecuentes por las marismas y zonas pantanosas del Mar Menor. Por ello, cuando en 1619 fue beatificado y canonizado tres años después, se dio su nombre y patronazgo a una de las ermitas que, por la creciente población del campo ribereño, se hacía necesaria: la ermita de San Francisco Javier.
San Javier irá surgiendo en torno a esta ermita, cuya ubicación era similar a la que actualmente ocupa la Iglesia de San Javier, en un cruce de caminos que recorre de Sur a Norte la costa mediterránea y que comunica el interior de la provincia de Murcia con el Mar Menor. Esta disposición interviene en la morfología del caserío, que es aproximadamente triangular, con la base hacia el Este y en el vértice, correspondiente a la ermita, se empiezan a levantar las primeras viviendas del nuevo poblado. San Javier absorberá el caserío disperso de La Calavera y atraerá al vecindario del Cabezo Gordo. En 1698 el obispo don Francisco Fernández Angulo convirtió en parroquia la ermita de San Javier y en 1699 comienza a edificarse el nuevo templo, culminándose las obras en 1787.
San Javier en el final de la Edad Moderna
En el siglo XVIII el Ayuntamiento de Murcia nombraba dos alcaldes pedáneos en su campo: uno en Torre Pacheco y otro en San Javier, del que dependían el núcleo de su nombre y los de Calavera, Tarquinales, Grajuela, San Pedro del Pinatar, Roda, San Cayetano y Dolores. La iglesia parroquial tenía la misma circunscripción y contaba con una casa Tercia para recoger los diezmos producidos en este distrito. De entonces, data la consideración de San Javier como cabeza comarcal, más tarde también partido judicial, por territorio, población y recursos. En el siglo XVIII decrecen los ataques corsarios, el asentamiento urbano se hace más estable, estando limitado el municipio murciano en cuanto a su costa se refiere, por las inmediaciones de la torre de la Horadada al Norte y el Calnegre, en La Manga del Mar Menor, al Sur.
