Es en 1943 cuando el famoso oceanógrafo francés Cousteau, junto al ingeniero Gagnan, desarrollan el sistema Aqua-Lung, una verdadera revolución que supone la independencia total del buceador de la superficie al poder respirar directamente de botellas de aire comprimido que carga a su espalda y navegar entre las aguas de forma independiente, equipado con aletas que le permiten despegarse del fondo. El propio Cousteau comenzará la recuperación de materiales arqueológicos del Grand Congloué en la zona de Marsella desde 1952.

     En estos primeros momentos convivirán el buzo clásico con los modernos buceadores autónomos, y a esta nueva era podemos adscribir las campañas de recuperación de objetos arqueológicos protagonizadas desde 1950 por el profesor Nino Lamboglia, sin arqueólogos, con deficiencias en cuanto a metodología pero con establecimiento de tipologías que aún hoy son referencia, como la muy común forma anfórica Lamboglia 2 del pecio romano republicano de Albenga, en Italia.

     Otros ejemplos lo constituyen los pecios de Le Titan (Philippe Tailiez, 1952, pecio romano a 27 metros); Yassi Ada (Peter Thockmorton, Turquía, 1958, 45 metros); El Capitán (Jaúregui-Beltrán-Gorordo, Cartagena, 1947 y 1961, 35 metros. Posiblemente la última operación llevada a cabo solamente con buzos clásicos).

     A partir de este momento se desarrollará verdaderamente la Arqueología Subacuática, adaptando el método arqueológico a este medio y sobre todo a partir de los años sesenta y hasta nuestros días con el desarrollo de los equipos autónomos de buceo y nuevos medios tecnológicos como mini-submarinos, robots a control remoto y los nuevos instrumentos digitales, centralizados en modernos ordenadores, con métodos de teledetección geofísica como el sónar de barrido lateral, el magnetómetro de protones o el penetrador de lodos, sin olvidar los SIG (Sistemas de Información Geográfica) creados a partir de posicionamientos con GPS, los programas de dibujo asistido por ordenador con base CAD y la Fotogrametría.

     En 1960 se organiza la primera excavación arqueológica subacuática donde ya se aplica el método científico y se atiende a la documentación sistemática del yacimiento, se trata del pecio de Kelidonia, en la península de Anatolia, sobre restos fenicios del siglo XIII a.C., dirigida por Throckmorton y con la participación como arqueólogo subacuático del norteamericano George Bass, pionero desde esta época y hasta nuestros días en la aplicación de las Nuevas Tecnologías y creador del INA (Instituto de Arqueología Náutica en la Universidad de Texas) centro de referencia a nivel mundial con sede permanente para el Mediterráneo en Bodrum, Turquía. También debemos citar el Centro de Roskilde en Dinamarca, donde se expone un navío de línea del siglo XVII rescatado del fondo del mar y conservado con técnicas de liofilización, al igual que los restos conservados en ARQVA del barco 1 de Mazarrón.

     Actualmente se abre ante nosotros una Nueva Etapa para esta aún joven ciencia, con nuevas aplicaciones tecnológicas y equipos de buceo más evolucionados, acompañado todo ello de nuevas leyes de protección a nivel mundial, como la Convención de la UNESCO sobre la Protección del Patrimonio Cultural Subacuático de 2001 (ya ratificada por España) y el desarrollo de nuevos centros para su difusión y formación, como es el caso (uno de los pioneros) del Museo Nacional de Arqueología Subacuática – “ARQVA”, con sede en Cartagena, Murcia.