Antes de la Licencia Real (1566). En este tiempo se renueva la vieja Ermita de San Sebastián, reedificándola desde los cimientos, con obra de tapiería y refuerzos de ladrillo.
Desde la Licencia Real hasta la del Concejo (1566-74). En este periodo se debió de desarrollar la mayor parte de las obras, pues en la última fecha se procede a la toma de posesión de la Ermita, por el Provincial y la Comunidad. Ésta se aloja, según cree Marcial García, después de reacondicionada, en la almazara aneja que les dona Lucía de Góngora.
Periodo de 1574-1581. Esta etapa registra una gran actividad dirigida por Fray Alonso de Poveda. Durante ella se realizan obras de acondicionamiento y otras nuevas para darle forma al convento. Así mismo, se completa la iglesia con la venta o cesión de capillas a particulares. La parte afectada por estas obras fue el ochavo o cabecera de la iglesia, que está en plena construcción a costa del Regidor Lorenzo Rodríguez. Por muerte repentina de éste, la obra no se completaría hasta pasados unos años. En 1581, dice Rubio, que la obra estaba completa.
Obras posteriores
El estado del inmueble conventual, de materiales muy pobres, se había ido deteriorando a lo largo de los años, precisando todo tipo de pequeñas reparaciones. Pero en 1721 la situación era insostenible, las paredes principales de tierra de la iglesia estaban desplomadas y por ello muchas vigas de las cubiertas perdidas, que de no haberse apuntalado, se hubieran hundido.
Ante la situación de ruina inminente, se pidió al representante de la Orden de Santiago, que era la patrona del convento, que hiciese una visita, acompañado de peritos que evaluasen los costos de lo necesario.
Las obras comenzaron rápidamente y, aunque no se han encontrado referencias documentales, Rubio Heredia, en su libro, Cosas de Moratalla, señala algunos datos referentes a que en 1733 se finalizaron las obras de la portada y torre.
La remodelación debió de ser prácticamente total y afectar a buena parte de la iglesia conventual.
A raíz del incendio desolador de la Navidad de 1833 se realizaron pequeñas obras en iglesia, capillas y dependencia.
