La fundación de este conjunto conventual se remonta al siglo XVI a instancias del Concejo y de los marqueses de los Vélez. Concretamente el 28 de enero de 1574 se entregaron al Padre Provincial de la congregación franciscana unas tierras para la futura edificación en el lugar donde estaba una ermita dedicada a la Purísima Concepción. Inicialmente estaba previsto su levantamiento en el Hospital de San Pedro.
Hacia 1581 comenzaron las obras, dando licencia el Obispado para que los vecinos pudieran contribuir en las obras. Según el padre Ortega, a comienzos del XVII estaba terminada la parte oeste del convento, destinada a dormitorios y con capacidad para unos treinta religiosos.
El convento fue destinado a acoger frailes recoletos de la orden de San Francisco; sin embargo, en 1591, fueron sustituidos por observantes franciscanos.
En el año 1835 el convento de San Francisco de Mula fue desamortizado y quince años más tarde, el 16 de mayo de 1849, se vendió por veintisiete mil reales a Ginés Fernández de Capel y Quijano, Damián Rebel Sánchez y José Bayona Lentisco, cediendo su parte los dos primeros al último. En el lote iba incluida también la iglesia de la Purísima. El nuevo propietario dedicó el convento a viviendas y posada, alquilando para teatro la iglesia, porque el anterior edificio destinado a representaciones de la calle del Hospital había sido expropiado hacia el año 1866 a Patrocinio Blaya Molina para construir la carretera.
El periódico murciano "La Paz" daba la noticia del estreno con la obra "Don Juan Tenorio" el 5 de noviembre de 1876, elogiando el buen hacer de los actores: Eloína Pérez, Aquilino Herrera y Antonio Blaya y Luna.
A la muerte del propietario heredarán sus dos hijas, que eran religiosas, el convento y la iglesia, cediéndolos éstas al Obispado para la recuperación de los servicios religiosos. Después de realizarse obras de acondicionamiento, el 25 de noviembre de 1894 se celebró la primera misa de la reapertura del templo.
