Con la firma del tratado de Alcaraz (mayo 1243), se pone fin a la ocupación musulmana del castillo de Aledo y sus territorios adyacentes que fueron entregados a don Alfonso a principios del verano de dicho año. En nuestro caso, esta entrega, no supuso ningún cambio sustancial para la población. Los musulmanes conservaron sus costumbres y propiedades por lo que su forma de vida apenas sufrió alteraciones. A pesar de lo cual, los moradores de Aledo no aceptaron de buen grado las capitulaciones de dicho pacto y se sumaron a la rebelión mudéjar que se produjo en Andalucía y Murcia, contra el rey castellano, entre los años 1264-1266.
La sublevación fue sofocada y tras la victoria, se anularon las condiciones pactadas en Alcaraz que fueron sustituidas por una nueva realidad, basada en el repartimiento de tierras entre los nuevos pobladores y la concesión de señoríos a la nobleza.
Previamente a todos estos acontecimientos, el territorio de Aledo había sido entregado a la Orden de Santiago (1257), donación que no significó más que un cambio señorial ya que no se adoptaron ningún tipo de medidas contra los mudéjares y el dominio, en esta primera etapa, se limitó exclusivamente a la recaudación de impuestos.
La primera actuación que lleva implícitas finalidades organizativas y repobladoras no llegó hasta 1293 cuando la orden espoleada por el asentamiento de algunos castellanos, se decide a otorgar a Aledo y Totana el - fuero e franquicias e libertades e los usos e las costumbres que al onrado Concejo de Lorca-, abriendo así la posibilidad de establecer un concejo a la manera castellana.
A pesar del esfuerzo, el eco repoblador de este fuero fue escaso, debido a la crisis generalizada que se vivió en el reino de Murcia durante la baja Edad Media y a que la ubicación de esta encomienda, en la frontera del reino de Granada, la hacían muy vulnerable a las cabalgadas militares y a las rapiñas, con la consiguiente inseguridad que generaban y por ende su influencia negativa sobre los asentamientos humanos y los medios de producción: agricultura y ganadería.
Cuando a mediados del siglo XV empieza a remitir esta crisis, se inicia también un lento ocaso para la villa de Aledo ya que los cambios sustanciales que el nuevo orden representa, inducen a sus moradores y a las instituciones a trasladarse a Totana para establecerse, definitivamente, en un espacio más rico y favorable a sus necesidades (el descenso se generaliza a partir de 1530).
A este respecto el Archivo Municipal de Totana conserva:
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Ordenes y circulares: 3
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Deslindes y reivindicaciones: 1