En la Edad Media el Señor de Cotillas, Pedro Calvillo, utilizaba estas islas como criadero de halcones ya que desempeñaba el cargo de halconero mayor del reino, título concedido por Juan II. Pertenecientes al municipio de Murcia, en 1726 pasan a ser dehesa de caza del infante
Don Felipe, hijo de Felipe V con la consiguiente protesta de Murcia, que consiguió la devolución décadas después. Entre tanto, los guardas de las islas las pusieron en cultivo y producían trigo, cebada, barrilla, construyendo incluso algunas viviendas y un paloma.
En torno a 1878 el propietario de las Islas: Mayor, Perdiguera, Ciervo, Espartera, Rondella, Sujeto) es el Barón de Benifayó, título que acabaría dando nombre a la Mayor. El propietario del título era Julio Falcó D'adda, nacido en Milán en 1834, hijo de los príncipes Pío de Saboya y Ana D'adda y ligado a San Pedro del Pinatar donde falleció en 1899.
En esta localidad construyó un palacete conocido como 'Casa de la Rusa' que fue diseñado por el arquitecto madrileño Lorenzo Álvarez Capra, en 1878 y en realidad era una copia reducida del Pabellón que realizara para España en la Exposición Universal de Sevilla que se celebró en 1873.
Algún tiempo después, levantó una casa idéntica, eliminando una torre, en la isla Mayor. Su estilo, ligado al movimiento neo-mudéjar con el ladrillo (en canto o en punta) como protagonista de las formas y las decoraciones.
El hotelito de la isla Mayor disponía además de un pequeño embarcadero y casita para el guarda. El inmueble, en una sola planta, tenía un cuerpo avanzado a manera de torreón provisto de un piso. Dos galerías se cruzaban en su interior con dos puertas, a Mediodía frente al mar, y al Norte.
A la fachada principal daba la biblioteca, el comedor, un despacho, el dormitorio del propietario, sala y salita de armas. A la posterior, daban las habitaciones para invitados y el servicio. En 1880 ya era utilizado como coto de caza de perdices y conejos por el Barón. En esa fecha Serrano de Pedrosa describía la casa en La Correspondencia Ilustrada en un artículo que le dedicaba.
En marzo de 1890 se abría de nuevo la veda de caza en la isla Mayor pero se prohibían las escopetas (sólo se podía cazar con redes y hurones); quedaban en cambio permitido el empleo de podencos. Los cazadores podían instalarse en la casa del guarda que les facilitaría leña y agua.
La propiedad de las islas del Mar Menor pasó, por compra, a manos del Conde de Romanones que aparece visitándolas desde 1907. Unos años después se desprendió de La Perdiguera que regaló en noviembre de 1921 al Estado para que fuese utilizada por el personal del Aeródromo de Los Alcázares en los entrenamientos para prácticas de tiro.