Durante unos años, la paz, la quietud vuelve al adelantamiento, en tanto que la oligarquía nobiliaria se concentra y confedera para su asalto al poder. En 1464 Enrique IV concedía el señorío de Cartagena a don Beltrán de la Cueva, de la que es posible que no llegara a hacerse cargo, pues los acontecimientos que se suceden de inmediato ocasionan la reanudación de la Guerra Civil. Por su parte, en una labor paciente y continuada, el adelantado creaba una red de intereses familiares y políticos, tanto en el concejo de Murcia, como en Orihuela y reino de Valencia, así como con los principales dirigentes de la oligarquía nobiliaria que le iban a proporcionar, ya sin enemigo potente que pudiera frenarle en su calculado ascenso al poder, el total dominio del Reino y una jefatura que no encuentra más oposición que la de los corregidores o asistentes reales.
Tres son los hechos más destacados en esta fase histórica. Uno, la conjunción de intereses políticos, económicos y familiares generalizados en todo el Reino y que en lo que respecta a Pedro Fajardo, si bien le subordinan a las directrices políticas del marqués de Villena, en cambio obtiene beneficiosas consecuencias económicas, el reconocimiento de su jefatura política del reino de Murcia y el compromiso matrimonial entre ambas familias como complemento y modo de afianzar los acuerdos. En 1460 el marqués de Villena obtiene el título de conde de Xiquena, villa comprada a Alonso Fajardo, y la concesión de Vélez Blanco y Vélez Rubio, Castillos que se hallaban entonces en poder de los granadinos, pero que en el futuro, unidas a Xiquena, significaban el dominio de la zona de paso más práctica y frecuentada desde el Levante al valle bético. En tanto se firma capitulación entre don Juan Pacheco y su hijo Diego con el adelantado Fajardo, acordando paz y tregua entre sus respectivos dominios y mantener relaciones de buena amistad. En mayo de 1462 el marqués de Villena recibe otra importante donación regia en territorio murciano, como era la concesión de todas las minas de alumbres existentes en el adelantamiento, de la cual iba a hacer merced de su mitad al adelantado, lo que el monarca confirmaba seguidamente. Merced regia de unas perspectivas económicas realmente extraordinarias.
Estas relaciones entre ambos nobles vuelven a ratificarse con carácter decisivo en 1465. Antes había sido proclamado Rey de Castilla el infante don Alfonso frente a su hermano Enrique IV. La rebelión nobiliaria ridiculizaba así a la Monarquía e intentaba gobernar sin limitación alguna. El 8 de agosto Pedro Fajardo ratificaba su acuerdo y confederación con el marqués de Villena; en la misma fecha, en unión de su primo el comendador Pedro Vélez de Guevara, prestaba pleito homenaje de reconocimiento como Rey al príncipe don Alfonso y en tercer lugar, el mismo día, Pedro Fajardo también prestaba pleito homenaje asegurando cumplir el compromiso matrimonial acordado de su hija primogénita Luisa con Alfonso Téllez Pacheco, hijo del marqués de Villena.
El segundo hecho de trascendencia política iba a ser la expulsión del corregidor Pedro de Castro. Tuvo Pedro Fajardo que recurrir a la fuerza para echarle de la ciudad y obligarle a abandonar la fortaleza, que por orden real tenía bajo su custodia. Ya sin resistencia, el adelantado no sólo se hizo dueño efectivo de los destinos de la capital y nombrar por el concejo como regidor de ella, sino también de las rentas reales, que iba a emplear para facilitar sus decisiones políticas.
No pudo en esta ocasión el comendador Alonso de Lisón, que había recibido de nuevo orden de Enrique IV de mantener pacificado el reino de Murcia, imponerse al adelantado ni luchar contra las fuerzas superiores que se le oponían. Y ya, sin impedimento alguno, Pedro Fajardo pudo lograr otra de sus mayores aspiraciones, como fue la recuperación del castillo de Cartagena. Dice Alonso de Palencia que Fajardo se apoderó ''del uno (castillo) contra la opinión general y retuvo en su persona los otros (los derechos de arribada que pagaban los buques) con jurisdicción más extensa". No mucho después la concesión real proporcionaba validez jurídica a una situación de hecho.
