A partir de 1424, cuando Alfonso Yáñez Fajardo es nombrado adelantado mayor del reino de Murcia, merced a un oportuno cambio de facción, afiliándose a la política de don Álvaro de Luna, cambia el panorama murciano. Todo el esfuerzo del nuevo adelantado sería el de tratar de imponer su autoridad y dominio en el reino y en su capital, tal como durante algún tiempo lo hiciera su padre. No sería fácil, pues tendría que combatir y vencer las aspiraciones de distintos familiares, ambiciosos también de alcanzar el poder, y después salvar los obstáculos que le sobrevinieron con los destierros de don Álvaro de Luna frente a los partidarios de los infantes de Aragón.
Y modo de afianzar su autoridad y dominio sería aumentar sus posesiones, pues a Molina Seca, Alhama, Librilla, agrega Mula y después busca obtener la tenencia de algunas fortalezas reales, como las de Cartagena o Monteagudo, modo de extender su poder, lo que al mismo tiempo suponía restar posiciones a sus contrarios; lo fue también la firma de confederaciones con otros nobles de menor categoría, deseosos igualmente de participar en los beneficios que podía proporcionarles la amistad del condestable Luna o del todopoderoso Adelantado.
En estos años las noticias sobre Cartagena son escasas y todas relacionadas con su frecuente necesidad de ayuda militar frente a los corsarios o con el abastecimiento de la población, siempre deficiente y más en años de malas cosechas, que se repiten con excesiva frecuencia; relación de concejo a concejo con Murcia, por lo general amistosa, aunque de vez en cuando surjan discusiones, malentendidos y quejas por el problema que representaba la intromisión en la zona del mar Menor propiedad del concejo murciano, y el transitar y trajines de los trajineros, cuyo trabajo era arriesgado, pero por ello también fáciles de acomodarse a quienes les ofrecieran mejores precios por las cargas que transportaban, que a las veces acababan en Orihuela.
Otro nuevo cambio y más espectacular se produce cuando muere Alfonso Yáñez Fajardo en 1444. Si precavido había obtenido tiempo antes un albalá de Juan II asegurando a su hijo Pedro su designación como adelantado, la menor edad de éste y la vuelta al reino de Murcia de Alonso y Diego Fajardo, más el que la guerra civil por esta causa traslada su escenario al reino murciano, limítrofe, además, con territorio aragonés, para dirimir su contienda, ocasiona largos y angustiosos años de trastornos, permanente peligro y alteraciones de todos los grados que afecta de forma conflictiva al reino murciano.
Y es entonces cuando Cartagena vuelve a ser noticia. En abril, al hacer memoria de la situación del reino, los regidores murcianos dejaban testimonio escrito de que Juan II ''tenía dada al Príncipe su fijo la villa de Lorca, e el castillo de Cartajena al almirante, e al conde de Castro a Jumilla, e al dicho Alfonso Yáñez a Mula, Molina e Librilla...'' Por su parte, encabezando la facción dominante por el momento y al servicio del Rey de Navarra y del infante don Enrique, los Fajardo, mosén Diego y Alonso, intentan encauzar a su grado la vida política del reino y restablecen la Hermandad de 1296 entre Murcia, Cartagena y Lorca (ver documento), programando su propósito de mantener la paz y la independencia de las tres ciudades. Pero fue por poco tiempo, pues vuelto al poder don Álvaro de Luna en el mes de septiembre, el corregidor Alonso Díaz de Montalvo se impone al frente de la ciudad de Murcia. Se dijo entonces que sólo Murcia y Cartagena era cuanto quedaba de realengo en todo el adelantamiento.
No mucho después se difunde y la noticia adquiere cada vez mayor consistencia, de que el conde de Castro, lugarteniente del Rey de Navarra, que se encontraba junto a mosén Diego Fajardo en Abanilla, tenía el propósito de apoderarse de la fortaleza de Cartagena, e incluso que había salido en aquella dirección. Fue entones cuando el corregidor Montalvo decidió asegurar Cartagena al servicio real. El alcaide del castillo, Ferrán Sánchez de la Peraleja, antiguo recaudador de sacas del Obispado, solicitó su ayuda y el que se hiciera cargo del Castillo, con guarnición suficiente, porque él temía no poder defenderlo. Una hueste concejil a las órdenes del regidor Juan de Torres, ocupaba y se hacía cargo del Castillo de Cartagena en el mes de junio de 1445. El Rey agradecía el 16 de julio la ocupación y defensa de la fortaleza, pero antes de 21 de junio había designado a Pedro Fajardo, nuevo adelantado, como alcaide del Castillo de Cartagena, aunque todavía era menor de edad .
La Guerra Civil impediría la pacificación del territorio y el restablecimiento del orden, sin que se concretaran las posiciones personales de los principales protagonistas de la contienda murciana, puesto que todos ellos dependían de cuanto sucedía en la Corte. Sí sabemos que hubo un intento en 1446 de ocupar por sorpresa el Castillo de Cartagena, pero la guarnición rechazó el ataque, ya que su alcaide era hombre precavido y enérgico.
No fue sólo la repercusión de la lucha contra don Álvaro de Luna que mantienen en toda Castilla los infantes de Aragón y la contradanza del príncipe don Enrique en medio de ellos, sino que el adelantamiento murciano sufre además una nueva acometida y es la intromisión granadina por su territorio, tanto a favor de la facción del Rey de Navarra como por su propio impulso en su afán de obtener ganados y cautivos. Presencia, actividad y peligro que no desaparecen totalmente después de la espléndida victoria murciana en Los Alporchones en marzo de 1452, cuando una expedición granadina regresaba a su territorio tras recorrer el campo cartagenero con abundante botín.
No hubo unidad ante el peligro común, pues el adelantado Pedro Fajardo, aparte de no participar en Los Alporchones, en el mismo año provocaba la expulsión violenta del corregidor Diego de Ribera, contrapesada por el bandolerismo de su primo Alonso, que ocupaba sus villas y Castillos de Alhama y Mula. Los dos últimos años del reinado de Juan II, más que de paz son de suspensión de hostilidades, porque todo queda en suspenso, a la espera de cuanto pueda surgir o producirse con el nuevo monarca.
Enrique IV y el cambio de táctica del adelantado Fajardo
Los comienzos de Enrique IV fueron prometedores. Tras su proclamación, Pedro Fajardo, suspendido en el adelantamiento, era llamado a la Corte para que explicara la expulsión del corregidor Ribera. Hasta abril de 1455 no fue perdonado por el monarca, pero sí recobró el adelantamiento, en cambio perdió la tenencia del castillo de Cartagena para el que no mucho después era nombrado alcaide Diego de la Cueva. Por otra parte, un nuevo corregidor, Alfonso de Almaraz, había sido nombrado antes con órdenes concretas de mantener la justicia real e impedir que se repitieran las asonadas y la contienda entre los Fajardo en la ciudad y su jurisdicción. Al mismo tiempo el comendador Alonso de Lisón era encargado por el Rey de mantener la paz en todo el territorio.
No contento con la decisión real, el adelantado Pedro Fajardo intentó recuperar por la fuerza el Castillo de Cartagena, sin lograrlo. Fracaso que le obligaría a plegarse otra vez al perdón real, que iba a obtener tras sus promesas de fidelidad y de acatamiento al monarca. Fue entonces cuando cambió de táctica y sustituye la fuerza por la confederación de intereses comunes con los hidalgos del patriciado urbano. Primer paso era el de recuperar sus perdidas villas y quebrantar la fuerza militar y la impetuosidad de su primo Alonso Fajardo. Y obtuvo del Rey, en 1457 otra concesión, y era la declaración de guerra total contra el alcaide lorquino. Eterno rebelde, por naturaleza insumiso, Alonso Fajardo no supo comprender la situación en que se encontraba. Y las fuerzas reales que llegaron al reino de Murcia, más la participación de fuerzas señoriales, concejiles y de las encomiendas santiaguistas, le obligaron a capitular y a abandonar el reino.
