Además de formar parte del estado velezano, de tener un señor común y una administración similar, cada una  de las villas y lugar es del señorío disponía de instituciones y autoridades propias.

En función de su riqueza, del número de habitantes y de las iniciativas de los poderes locales, en cada pueblo se realizaron obras e intervenciones dignas de mencionar. Aunque gran parte de la huella del señorío se ha perdido, algunos elementos, piezas o construcciones han llegado hasta nosotros.

En los botones superiores se recogen algunos de los aspectos más sobresalientes de cada pueblo: tiempo de permanencia en el señorío, acontecimientos históricos relacionados con la casa marquesal, evolución de su población y de su estructura urbana, piezas y elementos significativos, etcétera.

La influencia que ejerció la familia Fajardo en los Reinos de Murcia y de Granada no se circunscribió a sus señoríos, sino que transcendió a otras localidades cercanas donde contaban con servidores, intereses, contactos y propiedades.

En Murcia controlaron el ayuntamiento durante más de dos siglos y también el cabildo catedralicio, por medio de parientes y criados que ostentaban los cargos más eminentes, y retuvieron el cargo de alcaide de su alcázar. El mismo caso se repetía, aún más si cabe, en la ciudad de Lorca.

Cartagena, a pesar de dejar de ser señorío suyo en 1503, siguió recibiendo el influjo de los marqueses,  especialmente en lo que se refería a la defensa del litoral.

El hecho de que contaran con propiedades privadas y de que participaran en la percepción de parte de los impuestos reales de estas y otras localidades de realengo (mediante la concesión regia de juros) les hacía doblemente influyentes en ellas.

Los Fajardo tradicionalmente habían pertenecido a la Orden de Santiago (ver flash), tanto en calidad de "treces" (consejeros dirigentes), de comendadores mayores o de beneficiarios de algunos de los amplios territorios que poseía esta institución en el noroeste murciano: encomiendas de Caravaca (que ostentaron de forma casi hereditaria), Segura de la Sierra, Moratalla o Pliego.

Intereses mercantiles tenían en Mazarrón y Cartagena, donde disfrutaban del monopolio de la extracción de alumbres de sus minas, compartido con los marqueses de Villena, que alcanzó su máxima rentabilidad durante el siglo XVI. Por ello no es extraño que los Fajardo apoyaran los intentos secesionistas de los vecinos de Mazarrón respecto de la ciudad de Lorca, hasta ganar su independencia en 1565.

En el Reino de Granada, donde señoreaban gran parte del obispado almeriense, también lograron controlar el concejo y hasta el clero de la ciudad de Purchena, una de las pocas localidades de realengo existentes en el valle del Almanzora; y tuvieron excelentes relaciones con la noble familia de los Enríquez de Guzmán, residentes en Baza y señores de Orce, Galera y la Sierra de Filabres, con la que enlazaron sucesivamente.

El afán por hacerse con el control de zonas cercanas a sus señoríos en detrimento de otros aristócratas rivales, como el duque de Alba, llevó al primer marqués a apoyar las distintas rebeliones que contra su señor realizaron los vecinos de Huéscar (Granada) a comienzos del siglo XVI. Del mismo modo, don Pedro Fajardo lideró el asalto de Orihuela en 1520, en lucha con los agermanados valencianos