La planta de la iglesia de San Juan de Dios tiene forma ovalada. Posee seis capillas radiales de iguales dimensiones y planta trapezoidal, comunicadas entre sí y dispuestas simétricamente.
Interior
La capilla mayor está justo enfrente del acceso al interior del templo, lo cual acentúa ese efecto de sorpresa perseguido en el barroco, que junto con las tonalidades rojizas del zócalo de la iglesia y el retablo principal, en contraste con las más frías del resto del templo hacen que la vista se dirija hacia lo principal, el altar mayor. El acceso desde la puerta principal al interior de la iglesia se realiza mediante un gran arco rebajado sobre el que se sitúa el coro, con balaustrada de hierro mixtilínea.
En el frente de los contrafuertes, situados entre las embocaduras de las capillas, encontramos pilastras pareadas hasta la línea de cornisa que coincide con los óculos ovalados tras los cuales existe un pasillo que lleva hasta el coro. Estas pilastras pareadas continúan, aunque ya de menor tamaño, hasta una segunda línea de cornisas, y a continuación una balaustrada pintada. Los nervios de la cúpula, también pareados, apoyan en estas pilastras y se unen en la clave de dicha cúpula. En los espacios entre las nervaduras se disponen, dos series de óculos.
Los más grandes están decorados con escenas de la vida y milagros de San Juan de Dios, y los pequeños son ventanas ciegas. Respecto a esto señalar que la intervención llevada a cabo recientemente por el arquitecto Félix Santiuste desveló que cuatro de los diez óculos menores presentaban rehundimiento de su interior, lo cual quiere decir que en otro momento estuvieron abiertos, tratándose de óculos de iluminación cenital de carácter barroco. En la actualidad, tras la intervención referida de nuevo la iluminación natural penetra a través de ellos.
Las capillas radiales están pintadas con retablos de arquitecturas fingidas, obras del pintor Pablo Sístori (del cual existen retablos de similares características en las iglesias de Santa Eulalia y de Ntro. Padre Jesús Nazareno). Para conocer la obra y el estilo de este pintor recomendamos la lectura del libro de Mª Luisa Moya García, Pablo Sístori, un pintor italiano en la Murcia del siglo XVIII. Academia Alfonso X el Sabio. Murcia, 1983.
El retablo mayor está realizado en ricos mármoles; pedestales de piedra, de las canteras de Mula, y columnas en jaspe 'manchado de rojo', pilastras, capiteles y tímpanos. Las trazas del retablo mayor las atribuye Concepción de la Peña Velasco al mismo autor de la iglesia de San Juan de Dios, Martín Solera, que se inspira en obras del tratado del Padre Pozzo, libro que poseía en su biblioteca.
Detrás del tabernáculo se sitúa el camarín de planta cuadrada con esquinas achaflanadas en cuya base existe una celda, tal y como propuso Marín y Lamas en su testamento. Dicha celda debía de ser ocupada por un religioso que estuviera al servicio y vigilancia de la custodia.
Por último, destacar la riqueza de su decoración interior dentro del más puro estilo Rococó, a base de yeserías (rocallas, volutas, ángeles concepto, etc.). Efectivamente, además de la gran calidad técnica de estas yeserías policromadas cabe decir que estos motivos decorativos son diferentes en cada una de las claves de los arcos de acceso a las capillas, e incluso, las yeserías de los dos balcones del altar mayor, aunque semejantes, el trazado es distinto.
Exterior
La fachada está flanqueada por dos torres de base cuadrada y tres cuerpos, 'siguiendo el esquema que en el Renacimiento español iniciara Herrera en el Escorial y la Catedral de Valladolid, y muy usado en el Barroco en las iglesias jesuíticas, como las del Padre Bautista en Toledo' (Sánchez-Rojas). En las esquinas de las torres tenemos almohadillado de piedra para reforzar, combinado con la decoración de ladrillos vistos enmarcados por placas de yeso, elementos éstos, muy característicos en las construcciones murcianas del siglo XVIII.
En el interior del primer cuerpo de ambas torres, existen unos espacios, a los que se accede a través de una puerta disimulada en la pared.
A estos espacios se entra por las capillas que hay a uno y otro lado de la puerta principal; en uno de ellos (además de contener, entre otros, ropas litúrgicas, en su correspondiente percha de pie), encontramos un nicho de enterramiento; en el otro, tras un orificio en la pared se pueden observar restos óseos, mezclados con viejas telas y restos de cuerda de esparto. Estos restos óseos a simple vista parecían humanos, lo cual no nos extraña ya que una de las funciones de la iglesia era la de servir de enterramiento.
En la portada vemos pilastras dóricas dispuestas de forma oblicua, retropilastras y entablamentos curvos, lo cual genera esa sensación de movimiento en planta tan buscada en el arte barroco. La cornisa partida alberga un medallón ovalado (a través del imafronte de la Catedral los tondos ovales, albergando elementos escultóricos, fueron difundidos en Murcia) con la imagen de Nuestra Señora del Buen Suceso, titular de la primitiva iglesia destruida. En el segundo cuerpo, y justo encima del medallón, se abre una gran ventana que sirve para iluminación natural del coro, rematada por un frontón triangular curvo.
