El notable crecimiento demográfico en Moratalla durante el siglo XVI incide en su aspecto urbano, que exige una remodelación del trazado ante el incremento poblacional. El caserío, apiñado en torno al Castillo-Fortaleza, busca nuevos espacios y se extiende considerablemente hasta comprender casi los mismos límites que tenía a finales del siglo XIX. Por otra parte, el Concejo realizó la conducción de agua al Cañico, lugar que venía a ser el centro urbano de aquella época, y construyó otras fuentes públicas en distintos puntos y barrios de la villa, remozando también las calles de la población.
Nuevos cultivos, escasez de agua y auge ganadero
Se favoreció la plantación de viña, tanto en la huerta como en Las Cañadas, criándose unos vinos de excelente calidad; también el olivo, parte del cual se conserva en la actualidad; se fomentó igualmente el cultivo de moreras, cáñamo y árboles frutales. La patata y el maíz fueron productos que se introdujeron muy tempranamente en la huerta moratallera, aunque la insuficiencia de agua frenó su expansión. Precisamente para gobierno de los agricultores y mejor organización de sus riegos, el Concejo mandó construir en 1535 una torre para campanas. Al año siguiente se instaló el reloj, construido en Murcia por un maestro llamado Sabañán. Pero como la torre era demasiado baja y no se oían bien las campanas en toda la Huerta, en 1592 se levantó el ultimo tercio de dicha torre, colocándola a mayor altura.
Se potencia la ganadería, que ya gozaba de importancia en época anterior, como lo demuestra la existencia del gremio de cortadores de carne. Los montes de Moratalla, ricos en pastos, contribuyeron al notable desarrollo de la cabaña de cabrío, adquiriendo también importancia la ganadería ovina. Todo ello supuso que la comarca de Moratalla fuese la primera potencia ganadera de la zona, dando lugar a un prestigioso mercado.
La estructura económica, política y social de los siglos XVI y XVII
Esta situación floreciente fue apetecible para las órdenes religiosas. Así, en virtud de Real Provisión de Felipe II (1566), el Concejo autorizó el establecimiento del Convento de San Francisco, perteneciente a la Orden de los Franciscanos, cediéndoles la ermita de San Sebastián y terrenos colindantes. Por otra parte, la Orden de la Merced se estableció en la Ermita Santuario Casa de Cristo, según acuerdo del Concejo de 25 de junio de 1589.
La estructura política, judicial, eclesiástica y económica de la Orden de Santiago continúa vigente, a pesar de que, en esos momentos, el Maestrazgo lo detenta el Rey, en virtud de la bula del Papa Alejandro VI (1499), por la que se convierte en Gran maestre de las Órdenes Militares, por lo que el soberano pudo ejercer su autoridad sobre estas instituciones, restando atribuciones a los comendadores, que quedaron como administradores de los bienes de la Orden. El Castillo sigue siendo fortaleza de guerra, pero el centro administrativo pasa a la Casa de la Encomienda, sita en la entonces Calle de Tercia, actual García Aguilera, que venía a ser el centro urbano de la villa. Los vecinos más acomodados obtuvieron el título de regidores, oficios enajenados de la Corona, que en un principio fueron veinte, quedando luego reducidos a doce, que formaban la Corporación presidida por el alcalde.
En el aspecto jurídico, Moratalla dependía de los tribunales de Villanueva de los Infantes (Ciudad Real). La enorme lejanía originaba grandes problemas y los procesos se eternizaban. Ante las protestas constantes de los municipios sujetos a dicha jurisdicción, en septiembre de 1540 se creó un funcionario permanente en Caravaca. Sin embargo, hacia 1589 y debido a la falta de honestidad de estos funcionarios, Felipe II ordenó que se volviese a la jurisdicción única de Villanueva de los Infantes.
Religiosidad y construcciones eclesiásticas
Durante el siglo XVI otro suceso religioso conmueve a los moratalleros: el Aparecimiento de la Virgen (llamada La Rogativa) al joven pastor Ginés Martínez de Cuenca en 1535. El templo de Santa María de la Asunción es hoy uno de los monumentos más importantes de Moratalla. Hasta el siglo XV fue el único espacio público de culto existente en la villa; dado el peligro fronterizo y la escasa población no se edificó ninguna otra iglesia o ermita fuera del recinto amurallado. En un principio, solamente era un pequeño local justo para la población de la época. Pero con el aumento del vecindario y el alejamiento de la frontera, se fue ampliando el templo en sucesivas ocasiones, siendo a partir del siglo XVI cuando se acometen obras de ampliación de gran envergadura, siguiendo los trazados del arquitecto italiano Francisco Florentino y colaborando en la construcción Juan de Marquina. El rematante de las obras fue Pedro de Antequera, y la piedra para los sillares fue labrada por el maestro de cantería Juan Inglés. En 1563 se hicieron los muros de la plaza para que sirvieran de estribos a las obras.
Construcción tan colosal precisó grandes cantidades de dinero. La cuestión económica, unida al período de austeridad de la Orden de Santiago y a disposiciones suntuarias por parte de la Corona, junto al estancamiento demográfico de finales del siglo XVI, obligó a la paralización de las obras de ampliación, por lo que la iglesia no llegó a alcanzar las dimensiones y monumentalidad previstos en el proyecto primitivo. Después de 37 trabajos interrumpidos por cuestiones de dinero, los reformadores de la Orden de Santiago, en visita efectuada en 1598, mandaron paralizar las obras. El propio Concejo, con fecha 30 de agosto de ese año, acuerda cerrar la obra con tapial real. No obstante, continuaron los trabajos de cerramiento de capillas y ornato del interior del templo, que se prolongaría durante el siglo XVII.
Aparte de la iglesia parroquial, otras ocho ermitas salpicaban distintas calles y barrios de Moratalla. Éstas eran: Santa Ana, San Andrés, Santa Quiteria, La Soledad, San Antonio Abad, San Blas, San Nicolás y San Jorge, además del convento de San Francisco y el mercedario situado en la Casa de Cristo. Otra de las manifestaciones religiosas era el asociacionismo, formando cofradías. De esta época se registran las siguientes: Cofradía de la Sangre, anterior a 1549; del Santísimo Sacramento que, desde el siglo XVI, estaba hermanada con su homónima de Roma; la del Santísimo Aparecimiento, fundada después de 1493; de Santa Lucía, fundada en 1596; de La Soledad, fundada en el año 1596; del Rosario, fundada a finales del XVI; de Santa Ana, Jesús Nazareno y La Piedad, fundada en 1607.
El 15 de junio de 1621 acontece el "Milagro del Stmo. Cristo del Rayo", suceso que consta en la página 105 del Libro 5º de Bautismos y en cuyo honor se celebran las populares 'fiestas de la vaca', con sus tradicionales encierros de reses bravas. Estas fiestas ya se realizaban con anterioridad en el mes de septiembre con motivo de la feria, pero la influencia eclesial y otras circunstancias sociales y económicas convinieron dedicarlas al Cristo del Rayo y trasladarlas a junio para conmemorar el citado suceso. Dicen las crónicas que el 15 de junio de 1621, a las tres de la tarde, las campanas de la iglesia anunciaban la proximidad de una tormenta. Mientras se celebraba la octava del Corpus y la iglesia estaba abarrotada de fieles convocados por la antigua cofradía del Santísimo Sacramento, so formó la destructora tormenta veraniega con fuerte aparato eléctrico. El vecindario, avisado por el tañido de la campana, acudió a refugiarse al templo, mientras que la tormenta descargaba abundante agua en medio de relámpagos y truenos. Con el templo abarrotado de fieles, una chispa eléctrica penetró por una ventana yendo a caer sobre la imagen de Cristo del Calvario, que coronaba el retablo mayor, no sufriendo daño alguno, salvo quedar totalmente ennegrecida. La multitud, allí congregada, tampoco sufrió ninguna lesión, por lo que el suceso fue un verdadero milagro. Desde aquél entonces, la imagen se conoce como Cristo del Rayo. A partir de ahí, ese día es fiesta mayor.
En esta época, Moratalla contaba con cuatro hospitales, auque el concepto de éste en la época hacía referencia a una especie de casa o albergue donde se acogía a los pobres, en lugar de sitio para curar enfermos. Son de mencionar el de Santa Ana, como dependencia de la propia ermita y asistido por miembros de su cofradía; Hospital de la Villa, situado en la calle que conserva ese nombre; Hospital de La Soledad y Hospital de la Casa de Cristo, destinado fundamentalmente a la acogida de peregrinos que acudían al Santuario, desapareciendo cuando se instalaron allí los mercedarios.
El inicio de la industrialización: el papel de la explotación maderera
Ciertas actividades industriales en Moratalla apenas han sobrepasado el ámbito local. Y ello, tal vez por la precariedad de las comunicaciones, que han sido un grave obstáculo para la economía moratallera. Maderas, vinos, aceites o esparto encuentran dificultades para salir fuera del ámbito de la villa, pese a que se construye el Puente del Olmico, que mejora el tránsito hacia Caravaca. El hecho de poseer una gran extensión de bosque en las grandes zonas montañosas ha motivado que la explotación maderera haya sido una de las actividades más importantes.
El comendador Diego de Soto fue el verdadero impulsor de la explotación forestal de los montes de Moratalla. Consiguió, mediante su influencia política, el monopolio maderero y hasta el permiso del Concejo murciano para no retener la mercancía durante tres días en la aduana de la capital, lugar donde había consolidado su mercado de venta de madera para la construcción. Tal importancia llegó a tener el negocio que el Concejo de Murcia ordenó arreglar y ensanchar el camino por el que llegaba la madera del comendador. Por otra parte, Diego de Soto había obtenido licencia del Concejo de Moratalla para mantener una sierra de agua; buena parte de la madera se enviaba a Murcia río abajo, a través del Alhárabe y el Segura.
Más tarde, fueron madereros franceses, fundamentalmente, quienes llegaron a estas tierras para trabajar en este negocio, concretamente por la zona de Sierra Seca, Revolcadores y Puerto del Conejo. Aunque continuaron contribuyendo a la deforestación de los bosques del municipio de Moratalla, lo cierto es que, por otra parte, impulsaron notablemente la industria del sector. Teniendo tan cerca la materia prima es lógico que la industria del aserrío tuviese implantación en Moratalla y, efectivamente, así ha sido. En diferentes épocas, aunque con altibajos, Moratalla ha contado con un número variable de aserradoras, constituyendo un sector económico importante. Paralelamente también se desarrolló la industria textil, habiéndose censado en el XVIII hasta cincuenta telares de lienzos para la marina de guerra y pesquerías, aunque la pequeña producción del cáñamo no permitía una mayor expansión de esta industria. Otro de los sectores importantes era la fabricación de vino y aguardiente, así como las almazaras y molinos. Precisamente en el siglo XVII ya existía una fábrica de aguardiente y a finales del siglo XIX dos. Y es que la elaboración de vinos era una de las principales actividades, si bien era de carácter familiar, por lo que en casi todas las casas había bodega; aunque solamente las familias que obtenían gran cantidad lo comercializaban.
