Un anterior asentamiento ibérico
Si bien el grueso de los materiales es de época tardía, está documentada la presencia de un poblado ibérico, aunque este poblamiento sólo se confirma con los materiales cerámicos hallados durante la excavación. Es un hecho significativo que la cultura ibérica permaneció durante siglos, aún cuando la romanización había calado hondo entre los pobladores. La cerámica con decoración y pastas parecidas a la ibérica se siguió fabricando durante mucho tiempo e incluso perduró hasta el siglo IX, cuando este lugar ya estaba controlado por el Islam.
La Begastri romana
La llegada de los romanos transformó completamente el poblamiento en Begastri. La obra constructora de Roma se adaptó en la medida de lo posible a lo existente, pero añadiendo grandes obras públicas de las que hoy sólo se conservan escasos restos, alterados posterioremente en los siglos IV y V d.C. Durante el Alto Imperio recibió la municipalidad, res publica begastresium, lo que es una demostración de la importenaica que debió alcanzar Begastri, aunque su auge llegaría siglos después.
Su engrandecimiento en tiempos visigóticos
Sería en época visigoda cuando Begastri alcanzase su esplendor, ya que el topónimo Begastri aparece citado como sede episcopal en las actas de varios Concilios Toledanos.
Es en estos siglos cuando la ciudad alcanza su máxima extensión; se levanta un amplio recinto amurallado con, al menos, dos puertas protegidas mediante torreones; la muralla, levantada en buena parte con grandes sillares y que en algunos lugares supera los dos metros, es visitable en la actualidad, siendo objeto de varios trabajos de consolidación y restauración.
El ocaso bajo la Media Luna
La decadencia de Begastri fue paralela al auge de Cehegín, centro del poder musulmán en la zona. Tras la conquista musulmana, y gracias al llamado pacto de Teodomiro, Begastri mantuvo durante un siglo cierta independencia del poder emiral, conservando sus costumbres y leyes. Sin embargo, a partir de finales del siglo VIII, y sobretodo durante el siglo IX, una serie de revueltas contra el poder musulmán acabaron por ser sofocadas y, aunque no hay signos de destrucción en Begastri, muy probablemente sus murallas debieron ser, cuando menos, desatendidas y sus principales obras públicas abandonadas. Begastri se debió convertir en una población marginal que acabaría por abandonar definitivamente la ciudad, que tras la Reconquista, en el siglo XIII, ya estaba desierta.