Origen musulmán
El origen de esta diputación cartagenera debió ser musulmán, ya que la palabra Algar es de procedencia árabe y significa 'la cueva' o 'la hondonada'.
La primera noticia que se tiene de El Algar en los textos data de 1243, en una crónica de La Reconquista del Reino de Murcia en la que se menciona la población.
Se tienen noticias de una alquería, localizada en esta zona, muy ligada al regadío, con un corto número de habitantes.
Tras la sublevación mudéjar de 1264-66 la población musulmana huyó o fue expulsada de Cartagena y su comarca. Ello, unido al fracaso repoblador de los monarcas castellanos debido a las más que frecuentas incursiones berberiscas y granadinas, ocasionó la práctica despoblación de El Algar hasta el siglo XVI. Pero el éxodo no fue total, ya que entre los siglos XIV y XVII El Algar concentró prácticamente toda la población del sur del Mar Menor ante los ataques corsarios. Pero esa población apenas debió tener unas decenas de habitantes, que encontraban en la pesca su fuente de subsistencia.
La Torre del Negro y el crecimiento poblacional
A la sombra de la Torre del Negro rebrota la vida en la zona en forma de pequeñas casas diseminadas, dedicadas al cultivo de secano. La construcción era una de las torres vigía que formaban parte de la red que mandó construir Felipe II para defender el litoral. Los caseríos darían lugar, con el tiempo, a nuevos núcleos de población que han llegado hasta la actualidad como Los Belones y Los Urrutuias.
Durante los siglos XVII y XVIII la población de El Algar experimentó un amplio crecimiento demográfico. Esta circunstancia fue el motivo principal que impulsó a sus vecinos a intentar convertirse en municipio independiente durante la primera mitad de la centuria siguiente. En los años centrales del siglo XVIII se levantó la ermita de la Virgen del Llano, posterior parroquia de la diputación.