El inicio de la agricultura en El Albujón
Los Reyes Católicos mostraron un especial interés para que la zona fuera repoblada y favorecieron esta circunstancia, concediendo una exención de impuestos especial a los que cultivasen viña y olivo. También a primeros del siglo XVI adquieren especial importancia los ganaderos, entre los que se repartían tierras para que fueran explotadas y repobladas, ya que los pastos de esta zona aluvial eran muy abundantes.
La precaria situación que se vivía en las ciudades durante los siglos XVII y XVIII, azotadas por las epidemias y la miseria, empujó a sus habitantes a buscar una oportunidad en el campo, emprendiéndose de esta forma una segunda repoblación. El Albujón queda bajo el poder de Cartagena, y comienza a levantarse el poblado en el cruce de caminos Cartagena-Murcia-Cabo de Palos-La Azohía, siempre bajo la protección de la torre.
Ya a comienzos del siglo XVII era un importante productor de trigo, pero los concejos entraron en el juego del cobro de impuestos y tan agobiante resultaría para los pobladores esta situación que en el verano de 1683 tuvo lugar una revuelta. Con una cada vez mayor recaudación de impuestos, los vecinos agricultores y ganaderos se vieron obligados a dejar sus labores, por no poder hacer frente al fisco, las epidemias y las plagas, y a finales del siglo XVII la zona era habitada por sólo 70 personas.
La población se distribuye por todo el término y se afianza en sus posiciones. Existen 170 habitantes en el término y comienzan a instalarse pequeñas industrias (molinos harineros y almazaras) relacionadas con las materias primas que se consiguen en las cercanías (La triada agrícola mediterránea: vid, olivo y cereal). Una población en constante crecimiento vería como se levantarían las ermitas de El Albujón y La Mina.
La Batalla de El Albujón
El 8 de septiembre de 1706 tuvo lugar en el término la Batalla del Albujón, dentro de la Guerra de Sucesión Española, entre los seguidores de las dinastías de los Austrias y los Borbones. Las tropas partidarias de los Austrias habían tomado Cartagena y su campo ese mismo año; desde Murcia partieron los ejércitos borbónicos bajo el mando del Cardenal Belluga, triunfador en la Batalla del Huerto de las Bombas. La Batalla se libraría cerca de la Torre, y destacarían como combatientes por el bando Borbón el cabo de infantería José Hernández y el comandante de Caballería Patricio Morán. Los ejércitos borbónicos hicieron retroceder a las tropas partidarias de los austriacos hasta la ciudad portuaria. Gracias a esta importante batalla, pocos meses después las tropas borbónicas tomarían la plaza fuerte de Cartagena.