Tanto en la iglesia como en el convento se conserva uno de los ciclos de pintura mural más extensos y de más complejo significado de toda la región murciana. Su temática abarca la representación de la Orden Franciscana a través de sus principales figuras, la unión de la Virgen de las Huertas con el pasado histórico de la ciudad a través de hechos de armas y de milagros obrados, así como un complicado "sermón plástico" dedicado a la Virgen Inmaculada realizado en los muros y cúpula de la escalera de la Tota Pulchra.
Paralelamente al avance de las obras de restauración del complejo monástico de las Huertas tras la riada de 1653, se embelleció con pinturas el templo, el antecamarín de la Virgen y la escalera de la Tota Pulchra. Se realizaron en varias fases entre 1720 y 1760, y se deben a los pinceles de los lorquinos Baltasar Martínez Fernández de Espinosa y Antonio José Rebolloso Jiménez.
Pinturas de la cúpula, nave principal y crucero de la iglesia
Para los lunetos y cúpula de la iglesia se escogieron temas relativos a la exaltación de la Concepción Inmaculada de la Virgen, en la que estaba fuertemente comprometida la Orden Franciscana, además de una completa representación de esta misma Orden a través de sus miembros más estacados. En la parte que afecta al apostolado de la ciencia (pechinas de la cúpula y capilla mayor) figuran cuatro Papas y cuatro destacados teólogos. Ya en la nave principal, los personajes representados responden al apostolado de santidad y son ejemplo de las distintas tareas que lleva a cabo la Orden. Las cuatro batallas escenificadas en el crucero del templo son las siguientes: NOVIA DE SERÓN / CONQUISTA DE LORCA Y BATALLA DE CABALGADORES / ALPORCHONES.
Pinturas del antecamarín de la Virgen
En el antecamarín de la Virgen, ideado enteramente por el franciscano Morote, se inicia el conjunto con el importante papel reservado por Dios a la Virgen Inmaculada en la redención del género humano, como intercesora para la salvación de las almas. En su calidad de protectora, la Virgen de las Huertas favorece también a sus devotos, un argumento que se emplea como recurso para, utilizando la historia de Lorca y del propio convento, enumerar y pintar aquellas gracias que por mediación de esta advocación mariana habían logrado tanto la ciudad como sus moradores. Un friso con reyes de España nos recuerda los privilegios concedidos a Lorca por mediación de la Virgen de las Huertas, y otro situado en la parte baja hace referencia a los milagros más significativos que la Virgen realizó.
Escalera de la Tota Pulchra
La escalera de la Tota Pulchra, es un espacio reservado a la comunidad. Las escenas pintadas en los muros y la cúpula están enteramente dedicadas a la Virgen. Las diversas imágenes proceden de una serie de sermones del padre Morote, y componen, un "sermón plástico" de los que se conocen muy pocos ejemplos en el arte español. Toda la representación gira en torno a la identificación de la Virgen María como Ciudad de Dios (JERUSALÉN CELESTIAL) y a la exposición de los principales hitos históricos y teológicos acaecidos hasta ese momento en favor de la declaración del dogma de la Inmaculada Concepción. Entre los personajes representados destacan la INMACULADA, SANTO DOMINGO Y SAN FRANCISCO.
Otras obras
El interior del santuario cuenta con varias obras artísticas (imágenes, cuadros, etc.), entre ellas los lienzos de Muñoz Barberán en el antecamarín, realizados recientemente, que representan escenas de la vida de la Virgen: "Nacimiento de la Virgen", "Presentación en el templo", los "Desposorios" y el "Nacimiento de Jesús". Se trata de óleos sobre lienzo.
Como único resto del primitivo convento del siglo XV, que perduró hasta la riada de 1653, ha quedado un relieve escultórico de la Piedad que algunos creen fue parte del retablo mayor, aunque Espín Rael pensaba que pudo corresponder al tímpano de la principal puerta de acceso al templo. Representa a la Virgen con el Cristo muerto y a ambos lados un San Juan y una Magdalena. Está a la entrada, a la derecha, entrando por la puerta que da a la plaza.
La vieja escultura de la Virgen de las Huertas hubo de ser repuesta tras la guerra civil con una buena reproducción realizada por el escultor Sánchez Lozano en 1940. Se trata de una representación de la Virgen con el Niño de tamaño menor que el natural. El día 8 de septiembre es la festividad de Nuestra Señora de las Huertas, que se celebra solemnemente en su santuario. Tradicionalmente se celebra una romería popular.
En la cripta de los Condes de San Julián se encuentra una lápida de mármol del valenciano Mariano Benlliure realizada en 1907. Se trata de la alegoría de la muerte: al lado de un ataúd, adornado con adormideras, un ángel con vestiduras vaporosas apaga una llama simbolizando el final de la vida.