La documentación sobre los sucesos previos a la declaración de Fuente Álamo como villa independiente nos proporciona las primeras noticias sobre el posible origen de Cuevas de Reyllo. Durante los sucesos mencionados destacó la figura de Gregorio Reillo Hernández, un hacendado fuentealamero que en 1694 fue nombrado plenipotenciario por sus vecinos para defender, ante la Corte de Carlos II, los derechos de la aldea y el pago de su independencia como villa. Este Reillo, cuyos ancestros pudieran haber llegado desde La Mancha en el siglo XVI para colonizar las tierras de Fuente Álamo, debió tener propiedades en la actual Cuevas, hecho que marcaría el nacimiento y denominación de la población.
En 1822, ante la despoblación de la capital municipal, se decidió que el Ayuntamiento se trasladara a Cuevas, solicitando el Concejo que en este pueblo se construyera la Casa Consistorial, la cárcel y una casa para el alcalde. Por esta decisión sabemos que en aquellos momentos la pedanía contaba con 50 viviendas, dos posadas y un molino. La orden de traslado se firmó en Murcia el 20 de abril de 1836, pero sólo duraría hasta el 29 de mayo de 1837. Al siglo XIX pertenecen algunos molinos harineros, que aún pueden contemplarse en parajes de Cuevas de Reyllo.
En 1928 en los campos cercanos a Cuevas realizaba maniobras un regimiento de artillería de Murcia y durante la Guerra Civil, en el paraje de Los Guerreros, se establecería un aeródromo. Cuevas de Reyllo siempre gozó de una densidad demográfica destacable. Así en 1940 se contabilizaban 1.343 habitantes y en 1960 llegaron hasta los 1.935. Tras un bache demográfico en los años 80', hoy día recupera su pretérita bonanza poblacional, llegando a algo más de 1.300 habitantes.