En general, la vegetación del parque está dominada por un pinar denso de pino carrasco que se enriquece en las zonas situadas a partir de los 450-500 m. de altitud con grandes manchas de chaparral y coscojar que tapizan el pinar. Esta asociación pinar-chaparral se hace mucho más patente y dominador en las umbrías y partes más altas de la Sierra de Carrascoy.
En el resto del Parque el pinar aparece asociado a un sotobosque de matorral típicamente mediterráneo, compuesto por arbustos como el lentisco, el palmito, el enebro, la coscoja, el acebuche o el espino negro. Este tipo de sotobosque es el más denso y frondoso que nos vamos a encontrar en el Parque, ya que en muchas zonas del Parque el pino carrasco es dominador absoluto del terreno, dando oportunidad de crecer a una única especie herbácea, el lastón, que forma un denso tapiz cobijado bajo la umbría del pinar.
Pero el pinar se hace mucho más ralo y abierto en las solanas, llegando a desaparecer o a degradarse tanto que deja paso al matorral de especies adaptadas a mayor sequedad y aridez (matorral xerófilo), entre las que se destacan por su abundancia la albaida, la jara y el esparto, que aparecen acompañadas por una gran variedad de plantas aromáticas como el romero, el poleo de monte, el tomillo, o la ajedrea.
Hay que señalar que en el área que ocupa la finca del Majal Blanco (en el corazón de la Sierra del Puerto) se puede encontrar una pequeña formación de grandes alcornoques centenarios, prueba de un pasado con condiciones climáticas más humedas que las actuales. Estos ejemplares, que hasta hace poco se creían autóctonos, descubriéndose que su origen es el cultivo, reciben un seguimiento especial por parte de los responsables medioambientales del Parque .
Los tarays y adelfas son las especies de mayor porte que pueblan los cauces de barrancos y ramblas, junto con los juncos y aneas que colonizan las charcas. También se pueden contemplar ejemplares de madreselva, en las zonas más húmedas de estos barrancos.
No hay que olvidar que en las zonas de los roquedos se ubican algunas especies de helechos y líquenes, y otras especies botánicas bastantes raras y peculiares como la Lafuentea rotundifolia.
Para poder valorar mejor la importancia de la flora del Parque se puede destacar un dato muy interesante: dentro de los límites del Parque se hayan catalogadas 16 especies de flora protegida, algunas de ellas de un gran interés biogeográfico, como la Lafuentea antes nombrada o los alcornoques del Majal Blanco.