La expulsión de los moriscos y la repoblación cristiana
La Edad Media se cerró con el episodio de la expulsión de los moriscos de España a principios del siglo XVII. En el territorio de Murcia, que incluía Fortuna, se les concedió la indulgencia y pudieron quedarse por algún tiempo. Pero en 1613 el Rey Felipe III decretó la expulsión, sin excepciones, de todos los moriscos, emprendiendo el camino del exilio por el puerto de Cartagena.
Con el objetivo de conseguir atraer a cristianos viejos para la repoblación de Fortuna, se le concedió una Carta Puebla que contenía ciertas prebendas. En 1628 fue nombrada villa, se delimitó su territorio con Abanilla y comenzaron a cultivarse las tierras baldías.
La familia Cascales
La familia Cascales ostentó el señorío de la villa hasta el siglo XVII. Se trataba de una dinastía hidalga, con influencia en el Concejo de Murcia. En la genealogía de los Cascales, hubo de todo: regidores, doctores, maestresala del Rey, comendadores y diputados. El ilustre hijo de Fortuna, licenciado Cascales, también perteneció a esta familia, que legó a la literatura murciana memorables páginas.
Nuevas edificaciones
Los Baños, que tanta importancia tuvieron en la Fortuna de época romana, habían caído en el olvido y apenas se tiene referencia de que fueran utilizados por los moriscos para el baño. La documentación al respecto no existe, hasta que en el año 1728 Felipe V hizo villa cerrada a Fortuna, mencionándose de pasada la existencia de las fuentes. La Parroquia de la Purísima se construyó en el segundo cuarto del siglo XVIII. En 1784, Ignacio Esteban realizó una imagen de San Roque, patrono de la villa.