Los Austrias, inicio de la recuperación de influencia
Al igual que ocurre hoy en día, en las últimas fases de la Antigüedad clásica Cartagena perdió, entre otras cosas, el peso político que anteriormente había detentado, y tardó muchos siglos en recuperarlo. Fue la política exterior de los Austrias y su amplio despliegue en el Mediterráneo la que le devolvió un papel destacado en la estrategia geopolítica de la Corona.
Así, con la implantación en 1540 de la ''Casa del Rey'' y la Proveeduría de Armadas, se inicia el proceso de recuperación del peso político perdido que culmina a mediados del siglo XVII con el nombramiento perenne de un gobernador (con el mismo poder que el corregidor de Murcia) y el traslado a partir de 1667 de las galeras y su administración (almirantazgo, factoría, etc.) desde el puerto de Santa María.
Las reformas administrativas del estado borbónico
La reordenación administrativa del estado borbónico a comienzos del siglo XVIII introdujo nuevos cuadros de mando que dejaron obsoletos a los principales cargos políticos territoriales de los Austrias, como los corregidores y los adelantados mayores del reino (ambos con sede en Murcia). Los elementos más destacados introducidos por esta reforma serían los capitanes generales (con funciones militares, políticas y judiciales) y los intendentes (con funciones económicas y políticas).
Reformas borbónicas administrativas en el territorio murciano
El antiguo reino de Murcia fue incluido en la capitanía general de Valencia, con lo que perdió su singularidad territorial, y los intendentes nombrados para impulsar el desarrollo económico del Sureste se instalaron de forma permanente en Cartagena, pues la supervisión de las obras del Arsenal y fortificaciones les ocupaban todo el año. Ni siquiera el privilegiado ''voto en cortes'', que algunas ciudades desempeñaban (como el caso de Murcia) y que justificaba la existencia de una ''Diputación provincial'', tenía ya sentido puesto que los borbones apenas convocaron Cortes a lo largo del siglo XVIII y la eficaz reforma de la Hacienda evitó la necesidad de pedir subsidios a los diputados de las ciudades con voto. Por tanto, la dependencia política con respecto a Murcia era prácticamente inexistente y Cartagena actuaba con total autonomía y en ''hilo directo'' con la Corona.
La creación del Departamento marítimo en 1728 vino a confirmar su condición de capital mediterránea, tal como lo eran Valencia, Alicante o Málaga. La infraestructura administrativa del departamento quedó encabezada por dos altas autoridades con residencia en la capital cartagenera: el comandante general y el intendente, correspondiéndole al primero el mando militar, mientras que al segundo todo lo concerniente a arsenales, construcción naval, sanidad y los asuntos económicos. Ambos cargos tenían dependencia directa de los ministros de Guerra (el primero) y Marina (el segundo), sin ningún tipo de intermediación regional; además su jurisdicción se extendía a lo largo del Mediterráneo, desde el cabo de Creus al de Gata.
El cúlmen del poder
Ya a finales de siglo Cartagena adquiere el máximo rango dentro de la administración territorial y la total autonomía jurisdiccional, o dicho en otras palabras: el mayor peso político de los últimos siglos, incluyendo la actualidad. Si bien a lo largo del XVIII se había institucionalizado como capital marítima, faltaba su nombramiento como capital territorial, segregándose de Murcia. Este hecho tuvo lugar en 1799 con la creación de seis nuevas provincias en el amplio espacio litoral español: Santander, Asturias, Alicante, Málaga, Cádiz y Cartagena.
Curiosamente todas han sobrevivido (encabezando las dos primeras dos de las comunidades autónomas actuales), excepto la de Cartagena, que tendrá una vida efímera hasta 1822, cuando fue suprimida por un decreto de Cortes. La posterior y definitiva división provincial de Javier de Burgos (1833) no hará sino confirmar lo dispuesto en el año 1822. Comenzaba aquí la imparable vuelta atrás.