El Cañón de los Almadenes se encuentra salpicado con pequeñas manchas de la única comunidad vegetal de frondosas presente en la Región de Murcia: el bosque de ribera. Esta peculiaridad se debe, en parte, a las condiciones climáticas de los últimos tiempos y a la angostura de las riberas del Segura a su paso por el cañón. Presenta, junto con las huertas, un paisaje exuberante en contraste con la vegetación de matorral y espartal más extendida.
A pesar de la espectacularidad de estos parajes, en una zona semiárida su desaparición ha resultado casi total por diversas causas entre las que se encuentra la imparable acción antrópica. Pero gracias a la repoblación y al rápido crecimiento de los árboles y arbustos que inundan el bosque de ribera, ha sido posible la recuperación de parte de estos parajes singulares, declarados Hábitat de Conservación Europea.
La vegetación de ribera está condicionada por fenómenos naturales tales como las violentas crecidas de ramblas y ríos en las subidas del Segura, así como las oscilaciones del nivel freático a lo largo del año. En todo caso, la vegetación se caracteriza por la abundancia de álamos (Populus alba) y tarays (Tamarix canariensis), siendo una comunidad con resistencia a las fuertes inundaciones y a un alto contenido en sales. También se puede dar la madreselva (Lonicera imprexa) y zarzamora (Rubus ulmifolius). La zona que presenta más erosión fluvial y frecuentes crecidas queda ocupada por carrizales de anea (Thypha dominguensis) y carrizos (Phragmites australis).