El nombre de Los Cuarteros retrotrae su origen hasta el siglo XVIII, cuando la familia de los Cuarteros vivía y ejercía su influencia en la zona, hasta el punto que la localidad acabó asumiendo el nombre de este linaje, en un fenómeno similar al que se produjo en localidades como Lo Pagán. En un principio la localidad era meramente un barrio de pescadores muy humilde, dependiendo administrativamente en sus inicios de San Pedro del Pinatar.
El siglo XIX o la pujanza económica
En el siglo XIX la situación de Los Cuarteros cambió enormemente. Los pescadores pasaron a ser propietarios de las casas en las que vivían. Poseían pequeñas parcelas de tierra, donde cultivaban alimentos para consumir y comerciar. Esta pujanza económica coincidió con la creación del municipio de San Pedro del Pinatar en 1836.
En la pedanía se crearon hasta tres comercios de venta en tan pequeño espacio de terreno. El hecho es importante, puesto que fueron las primeras tiendas de la zona. Los establecimientos estaban regidos por: Los Aquilinos, los Roques Espinosa y Eustaquio Espinosa.
En 1923 D. Santamaría, del Ministerio de Marina, visitó la zona. Éste, tras ver numerosos pueblos costeros por todo el país, declaró sobre la población de la pedanía que eran los mejores administradores que había conocido. La buena fama de Los Cuarteros llegó hasta el siglo XX.
Segregación de Villananitos
La situación de Los Cuarteros se vio modificada en la primera mitad del siglo XX. Los Cuarteros contaban con Los Cuarteros Altos, la actual localidad, sin acceso al mar; y Los Cuarteros Bajos al sur, con acceso a la playa. Por una polémica a la hora de denominar a Los Cuarteros Bajos, la población de este núcleo se manifestó para que le modificaran el nombre. El Ayuntamiento de San Pedro del Pinatar asumió las reivindicaciones de los que protestaban, por ello, en honor del tío Nano, se llamó al territorio Villananitos, segregándose de Los Cuarteros administrativamente.
El boom urbanístico en los años 60 del siglo XX
En los años 60, el boom urbanístico supuso para la zona el abandono progresivo de una tradición pesquera muy importante. La llegada del turismo y la necesidad de nuevas infraestructuras cambió la política económica de la zona hacia el sector servicios. Las familias hicieron sus negocios, orientándose hacia el sector del entretenimiento y el ocio. Se construyeron modernas urbanizaciones para los turistas, nuevos comercios e instalaciones para el disfrute de los visitantes como parques, paseos y avenidas. La población de Los Cuarteros se veía multiplicada por tres en la época estival debido al turismo vacacional.
La falta de suelo para urbanizar ha frenado la construcción de nuevos complejos urbanísticos. A pesar de esto se han construido numerosos hoteles, algunos de cuatro estrellas y lujosas instalaciones. También se ha potenciado el turismo de la zona, con la construcción de un centro anexo de tratamiento con aguas salinas, dirigido especialmente a los extranjeros.
La zona de Los Cuarteros se ha convertido en uno de los grandes destinos turísticos del Mar Menor, junto a Lo Pagán y Villananitos. El incremento de la oferta turística y de ocio ha supuesto que la población decida contar con Los Cuarteros para fijar su residencia, además de para el turismo vacacional de siempre. El aumento de población residencial ha conllevado mejoras en las infraestructuras de Los Cuarteros. En el año 2000 se construyó en la pedanía el Instituto de Enseñanza Secundaria Dos Mares, que amplía la oferta de estudios de la localidad.