Desconocemos el origen del topónimo de este barrio de la pedanía de La Algaida. Quizá la existencia de algún edificio, en apariencia una torre, cercana a los ramales de riego, llenos de juncos y carrizos, podría haber favorecido la creación del topónimo.
El itinerario de las vías romanas coincide con algunas de las carreteras comarcales, y en el caso de Torre del Junco es la antigua comarcal que sale de la vecina Lorquí; atraviesa parajes como Los Palacios; y nos acerca a este caserío. En 1869 el arqueólogo Emil Hübner, en su estudio sobre los miliarios del territorio murciano, y de los cercanos a Lorquí, entrevió parte del recorrido de una antigua vía Augusta, dirección Cartagena-Madrid, no señalada en los itinerarios clásicos, y que habría recorrido desde Molina a Cieza, pasando por Lorquí y Torre del Junco. Debemos señalar, en este punto referido a las vías de comunicación, que Torre del Junco quedaría dentro de un itinerario alternativo del Sudeste para llegar al Camino de Santiago, itinerario que utiliza las antiguas y naturales vías de comunicación rurales.
Torre del Junco siempre formó parte de La Algaida, una de las localidades archeneras más extensas y reconocidas por sus abundantes cultivos. De La Algaida ya tenemos información en un documento de 1630, a raíz de las obras de acondicionamiento de un ramal de acequias, canales abiertos de riego que en Archena siempre han tenido una especial relevancia por su abastecimiento y reparto a tierras de otros municipios. Y es en Torre del Junco donde acaba el ramal de la acequia de Caravija y comienza la Acequia Mayor de Molina.
Debemos entender que el devenir del caserío fue muy similar al de la pedanía algaidera, y de ésta sabemos que entrado el siglo XIX continuaba siendo un humilde poblado de construcciones típicas de la huerta: las barracas. En 1863 tenía alcalde pedáneo, que administraba el caserío de Torre del Junco, y para éste y La Algaida fue solicitada una escuela primaria al municipio.
En 1912 es inaugurada la ermita de La Algaida, dedicada a la Virgen del Rosario, y los vecinos del caserío quedan adscritos a ella para los sacramentales y para la celebración de sus fiestas patronales. La actividad de las industrias conserveras, durante todo el siglo XIX y XX, y aún hoy alguna de ellas situada en las cercanías de Torre del Junco, siempre favoreció el crecimiento demográfico en la zona, dedicada tanto a la actividad conservera como al continuado cultivo de sus campos de regadío, dedicados al albaricoque y a los cítricos.
