Tenemos noticias de Morata en un documento escrito por el padre Morote en 1741, uno de los primeros historiadores de Lorca que, en su obra 'Antigüedades y Blasones de la ciudad de Lorca' nos describe así Morata: "Es un valle hermoso, a quien cercan la elevada sierra, llamada la Almenara, nombrada así de los árabes, por servirles de atalaya, desde donde noticiaban a la ciudad los sucesos de las Marinas y la campaña, el puerto Mariel y por el medio día el castillo de Ugéjar, población antigua. Llámase esta torre de Morata, por haberlo sido de los famosos caballeros de este apellido, por donación de los reyes de Castilla en remuneración a sus méritos. Por una rambla de este valle corren todo el año las aguas, que fertilizan muy buenos pedazos de tierra, que cultivan ochenta vecinos, que mantienen un capellán en una grande Hermita[sic] de la advocación de San Juan Bautista, cuyo sitio, en los veranos, hace delicioso una frondosa Alameda".
Este relato no solo nos describe Morata, sino que nos da información sobre su origen, un antiguo caserío donado a los señores de Morata, al tiempo que nos aclara que la ermita de San Juan Bautista ya estaba construida a mediados del siglo XVIII, aunque sufriera posteriores rehabilitaciones. Este pueblo dedicado a la agricultura sufriría a finales del siglo XIX un cambio drástico en su Historia, ya que los sucesivos hallazgos de yacimientos de minerales y la consecuente explotación de los mismos incluirían a la Diputación de Morata.
Las guerras carlistas en Vizcaya provocaron una crisis en la minería vizcaína, que vino a paliar la minería lorquina. De las mil minas que el territorio lorquino llegó a tener en 1870 destacaron, entre otras, las de Morata, con importantes explotaciones de hierro y barita, como las de la mina La Positiva, cuyos restos se pueden visitar en Sierra Almenara.
Tal fue la importancia de estas minas morateras, que la compañía que las administró construyó un ferrocarril, el de Morata a Parazuelos, inaugurado en 1888, que transportaba el mineral hasta la costa para su exportación, ya que los cargamentos de mineral salían de los puertos de Águilas y Mazarrón. Cuando las explotaciones comenzaron a agotarse y dejaron de ser rentables, tanto la línea de ferrocarril como el resto de los elementos de explotación y transporte se desmantelaron, cerrando en 1930 la última de las minas lorquinas.
La Diputación volvió a concentrarse en su sector agrícola, los cultivos de secano, como el almendro, pasaron a formar parte del quehacer diario de los habitantes de las distintas fincas de la Diputación. Con los años sus cultivos de hortalizas en aterrazamientos fueron cobrando importancia, hasta especializarse en cultivos de invernadero con producciones intensivas.
