Algunos historiadores y cronistas creen que el topónimo de Pinilla corresponde a la voz árabe Ben-iella, del que derivaría Fuente de la Peniella, lugar que consta en el siglo XIV en los libros de montería del Rey Alfonso XI. No existe documentación respecto al período de dominio islámico de estas tierras, y tan sólo algunos restos en El Fortín, en la Cueva Jara y unas balsas, tras la casa de Antonio Nieto, podrían vincularse a esta época histórica.
Además de la cita histórica del siglo XIV, sabemos que en el siglo XVI este caserío pertenecía al Concejo de Lorca, formando parte de las zonas que empezaron a repoblarse en el Campo de Cartagena, lugar en el que se otorgarían mercedes y tierras a vecinos de Lorca, Librilla y otros municipios colindantes. Se estima que el lugar en el que comenzó a generarse esta villa fue en el barrio del Fortín, siendo en este lugar donde se construyó la primera ermita, cuya primera referencia documental aparece en 1748, en el testamento de un vecino del pueblo.
La posesión de la villa pasó probablemente en el siglo XIX de algún señor o terrateniente al Concejo de Lorca. Aunque no fuese hasta 1820 cuando Fuente Álamo consiguiera los limites de su término municipal, La Pinilla tendría que esperar hasta 1846 para que esta villa se desligase de Lorca y pasara a formar parte de Fuente Álamo, tras largas disputas del Ayuntamiento del municipio con Mazarrón por los lindes de la fuente de La Pinilla y el Cabezo de la Calera.
El siglo XX supuso para el pueblo una época de prosperidad, haciendo frente a las dificultades de la posguerra, creciendo lentamente para configurar una vecindad de jornaleros, ganaderos y comerciantes. En 1955 un censo de La Pinilla arrojaba un total de 1216 habitantes. La gran actividad de la cooperativa constructora Nuestra Señora de la Luz había colaborado en el crecimiento del pueblo. Pero la posterior década de los 60' supuso una caída de la demografía del pueblo. El eco de la emigración a países europeos, junto a la creciente dificultad para hacer rentables los cultivos, consiguió que muchos vecinos abandonaran La Pinilla. En 1980 el pueblo contaba con 666 habitantes.
Hoy día esta población sigue dedicando una parte de su terreno a cultivos de secano, mientras las numerosas granjas del sector avícola y porcino emplean a una parte de los vecinos. La cercanía a Mazarrón y su importante sector servicios provocan que muchos vecinos de La Pinilla se desplacen hasta el municipio vecino para trabajar, quedando la población como zona residencial.
