De la etapa neolítica, argárica e íbera existen multitud de vestigios repartidos por el entorno de la pedanía muleña. No obstante, la localización que actualmente ocupa la población no presenta huellas de ocupación por el ser humano anteriores al siglo XVIII. Muy próximos a Los Baños se pueden encontrar los asentamientos neolíticos y la necrópolis íbera del Cigarralejo.
La margen izquierda
La existencia de Los Baños en la margen izquierda del río Mula dio origen a un próspero asentamiento romano en las cercanías, concretamente en la parte alta del Cerro de la Almagra. Comenzó aproximadamente en el siglo II a.C., abandonándose este asentamiento con el tiempo. En esta misma ubicación han aparecido restos de fortificaciones y de otros elementos arquitectónicos. Muchos de estos restos se han relacionado con piezas reutilizadas en construcciones muy posteriores, como la de la Ermita Vieja.
Además se han encontrado vestigios de tres necrópolis de diversas épocas, una en el interior del recinto fortificado y otras dos en el exterior. Por último, en las proximidades del cerro también se han encontrado restos de dos villaes romanas con piezas datadas del siglo II a. C. Estas villas dependían del asentamiento del cerro, enclave estratégico debido a su colocación junto al río y la presencia de aguas termales.
