Las obras más destacadas relacionadas con este templo cristiano no se encuentran en su mayoría en el interior. De todas formas, dada su importancia es imposible no hacer referencia a alguna de ellas:
Mosaico Romano del siglo I a.C. que se encontró en el subsuelo de la iglesia, en el ángulo N.O. Utiliza figuras geométricas en su decoración, formadas mediante teselas blancas. Fue hallado en 1876 a cinco metros y medio de profundidad.
Escudo en honor a José Langón caballero de la orden de San Juan de Jerusalén. Construido en Malta, presenta dos figuras sosteniendo el escudo de Cartagena. En su parte inferior, hay una leyenda de las hazañas bélicas de este caballero. Actualmente se encuentra en el Museo Municipal de Cartagena.
Siete cuadros en relieve de alabastro ingleses del siglo XIV, unidos en un bastidor de madera y dispuestos en tres filas: dos de tres cuadros y otro rematando el conjunto, formando una figura ojival en su parte superior. Representan escenas de la vida de la Virgen y actualmente se encuentra en el Museo Arqueológico Nacional.
