La Alquería comparte la flora y fauna que se puede apreciar en la comarca del Altiplano y que se extiende tanto sobre el territorio de Jumilla como en el de Yecla.
Según los catálogos de especies naturales, se contabilizan en todo el altiplano un total de 860 especies de árboles y plantas. Estas especies están, lógicamente, relacionadas con el clima continental del que disfruta la comarca, los inviernos son más fríos que los de las comarcas del sur murciano, debido a la cercanía con Albacete, pero los veranos no dejan de ser cálidos y secos.
No se da en la naturaleza de La Alquería, ni en la de Jumilla, la doble floración, los ciclos de su flora sólo permiten un fruto al año. Tampoco se pueden apreciar especies que sean más propias del clima mediterráneo y sus "brisas saladas".
La hidrometría de esta zona no supera los 300 mm al año, y, aún así, forma parte de los valores más elevados de toda la Región de Murcia.
La flora de esta pedanía se distribuye según zonas.
En huerta y campo es usual, entre otras especies, apreciar beleño, viborera, zadorija, zapaticos, verrucaria, salicornio, ortiga y pitera, entre otras especies.
El monte bajo tiene abundancia de tomillo, espliego, albaida, esparto, esparraguera, coscoja y romero.
En la zona de montaña alta se pueden observar ejemplares de hipocistide, piorno azul, digital, pino rodeno, pino carrasco, cornicabra, lentisco, encina y madroño.
La Fauna tiende a compartir casi todos los ámbitos del relieve que rodea La Alquería, con ejemplares protegidos de víbora hocicuda, culebra lisa y sapillo pintojo. La cercana Sierra del Buey da cobijo a águilas reales, chovas y grajillas, reyezuelos, mitos, carboneros y pitos reales.
