La naturaleza de Los Baños de Fortuna viene definida principalmente por dos elementos: la fuente de aguas termales y el nacimiento del humedal de Ajauque y Rambla Salada.

Las aguas de la fuente termal se encuentran en la actualidad a cierta distancia del afloramiento primitivo, que fue explotado para el riego de las plantaciones de la zona durante el siglo XVIII, por lo que acabaría secándose. La trasformación que el ser humano ha realizado de este nacimiento, edificando a su alrededor distintos balnearios desde época romana, ha determinado una vegetación muy distinta a la original.

Por su parte el Paisaje Protegido del Humedal de Ajauque y Rambla Salada tiene una extensión de 1.632 Hectáreas que pertenecen a los municipios de Abarán, Fortuna, Santomera y Molina de Segura. En el año 2000 fue declarado Zona de Especial Protección para las Aves (ZEPA) por la importante colonia nidificante de cigüeñuela.