Los primeros textos documentales que nos citan la diputación de Los Puertos están referidos, en 1559, a las roturaciones de la vecina La Azohía y Fuente del Cañar, esta última continuamente citada en el siglo XVI en diversos documentos junto a los sistemas de pesca de boles de Isla Plana. Se conoce, en 1576, la existencia de guardas de costa en Isla Plana, éstos estaban preparados y vigilantes para dar la alerta en caso de que se aproximaran a la costa los piratas berberiscos, que aprovechaban para efectuar sus incursiones en los periodos que había buena mar, en primavera y verano, tal y como refiere Fernand Braudel en su monumental obra 'El mediterráneo y el mundo mediterráneo en la época de Felipe II'.
Existe un documento fechado el 19 de febrero de 1666 en el que la Corporación municipal otorga a Vicente Sánchez Vega permiso para utilizar las aguas del Cañar para regar sus tierras de Campillo de Adentro (actualmente perteneciente a Perín), además de conceder la autorización preceptiva para construir una torre o fuerte para defenderse de los ataques de los piratas berberiscos.
Un catastro fechado en 1845 dotaba a Los Puertos de un total de 411 habitantes. Dos años más tarde, 1847, se describe la zona como de tierras inferiores y blancas, con escaso arbolado, con terreno montañoso con rambla y tierras no cultivadas y eriales. Como ya ocurriera en Perín, a finales de este siglo XIX, concretamente el 16 de julio de 1887, se firmó un contrato entre la Sociedad de Aguas de Santa Bárbara y el Gerente de una sociedad catalana para la conducción de aguas de manantial a través de un entramado de tuberías hasta Cartagena.
También durante este siglo el doctor José María Vera promovería las obras de los Baños de la Marrana de Isla Plana, cuyas aguas termales procedían del Cabezo del Horno. Estos baños dejarían de utilizarse a mediados de los años cincuenta del siglo XX, pero declarados en 1999 Bien de Interés Cultural.
