El topónimo de Caneja es ya conocido desde época medieval y la pedanía ha tenido un poblamiento continuo desde época romana. De la época árabe hasta el siglo XIII se conocen diversos yacimientos arqueológicos muy cercanos a Caneja, y que atestiguan una dilatada población en esta horquilla cronológica. A dos kilómetros de Caneja se localizaron dos yacimientos situados en el Llano de Navares, que atestiguan la presencia islámica en la zona. También destacan por su cercanía a Caneja los yacimientos islámicos de La Torrecica de Singla, torre vigía que controlaba un amplio territorio y la Tercia o Molino de Singla donde, posiblemente, estaría situado un poblado de época árabe. A partir de los siglos XIV y XV, Caneja sufre un total despoblamiento como consecuencia de las razzias árabes y la guerra con Granada ya que, debido a su situación en una planicie, dificultaba enormemente su defensa, viéndose a merced de continuos ataques.
Caneja será una tierra yerma y de frontera, hasta que en el siglo XV y principios del XVI volverá a ser repoblada, finalizada ya la guerra con Granada después de su conquista por los Reyes Católicos. En los siglos XVII y XVIII aumenta la población de Caneja. Es en este momento cuando familias de origen noble se instalan en la pedanía con sus grandes caseríos y tierras, construcciones que aún se conservan.
Ejemplos de ello son las dos casas solariegas de la familia de los Escolanos, familia noble emparentada con la hidalga familia de los Sánchez Amoraga, los cuales disponían de abundantes tierras en la población vecina de Cehegín. Una de estas casas, perteneciente al linaje de los Escolanos, aún se conserva con toda su belleza. Es un caserío que posee un hermoso jardín. El edificio consta de dos plantas, con vanos y ventanas de madera al estilo colonial y rejas decoradas con una hermosa forja, está coronada por una torre con tejado a cuatro aguas y vanos con arco de medio punto. Su fachada tiene una tonalidad marrón claro.
Perteneciente al siglo XVIII es un antiguo cortijo situado en la Vereda de Caneja, el cual consta de tres plantas, entre las que destaca la planta del sótano, donde se ubica una gran bodega con enormes tinajas para almacenar el vino. Lugar de almacenamiento comunicado al exterior con un prensadero de la uva que, mediante un mecanismo, bajaba hacia las tinajas una vez obtenido el mosto. Al exterior destacan una preciosa balaustrada de mármol blanco. El caserío está situado entre un bosque de cipreses y pinos. En Caneja destaca también un antiguo pozo, del que antaño sacaban agua los habitantes de la localidad. Éste estaba dotado de una noria de madera en su interior, de ahí su planta octogonal. El pozo consta de un cuerpo de torre octogonal, coronado con una cubierta octogonal.
