Caneja está situada a 845 metros sobre el nivel del mar. Su Historia no es demasiado conocida, pero por su situación y la dilatada Historia que caracteriza a toda la comarca de Caravaca de la Cruz se le suponen unos orígenes de época romana. En esta zona del Noroeste murciano son incontables los restos romanos materializados en poblados, villas y necrópolis. Por su cercanía con la pedanía de Archivel, rica en importantes restos de época romana, no se descarta en Caneja la presencia de pobladores de esta cultura.

  El topónimo de Caneja es ya conocido desde la Edad Media, lo que indica un poblamiento continuo de la pedanía desde época romana, que llegaría hasta el siglo XIII, englobando la época islámica. En la Baja Edad Media, a consecuencia del proceso de reconquista de Granada, Caneja queda despoblada debido a su inadecuada situación para la defensa. Será a partir del siglo XVI, cuando Caneja vuelva a ser poblada, alcanzando mayor población ya entrado el siglo XVIII, centuria de la que Caneja conserva importantes edificios de familias nobles, que habitaron esta pedanía.