Los orígenes de Caneja son muy discutidos, ya que no existen vestigios arqueológicos que atestigüen un poblamiento anterior a época romana. No se conoce el grado de ocupación en época prehistórica en Caneja, pero sí que es conocida la gran riqueza de la cercana Sierra de la Serrata en yacimientos de fósiles, resultando muy abundantes tanto vertebrados como invertebrados, entre los que destacan ammonites y belemnites. Esta gran cantidad de restos de esta naturaleza se extiende por la zona del Noroeste murciano.
En el siglo XVIII comenzaron los estudios sobre los orígenes de esta bella pedanía. Así, el Padre Cuenca consideraba el topónimo de Caneja evolucionado desde Canesa. Los estudiosos decimonónicos relacionaban Caneja como una posible fundación de origen griego y retrotraen el origen de esta pedanía hacia el año 400 a.C., conclusiones que en la actualidad están descartadas.
La andadura de Caneja comenzaría en época romana. Hay pocos restos hallados en la localidad, pero como ocurre en todas estas tierras altas de Caravaca de la Cruz, probablemente predominarían las villas romanas de producción agrícola. Es a destacar, por su cercanía, la villa romana de la Fuente de las Tosquillas, situada a menos de dos kilómetros de Caneja. En el emplazamiento de la antigua villa romana se hallaron abundantes restos de cerámica romana, ánforas y elementos vasculares de importación, por la cronología de estos materiales se apunta hacia una época temprana, encuadrada en época republicana y altoimperial.
El emplazamiento del yacimiento no es casual ya que, considerando la excelente situación de la zona a la hora de la productividad agrícola, también se aprovechó un antiguo manantial de agua situado en las cercanías del yacimiento, la Fuente de las Tosquillas. Tampoco es casualidad que los habitantes de esta pedanía se sigan congregando cerca para celebrar unas tradicionales comidas campestres.
