La importancia de la Cueva Negra no radica en que pudiera ser utilizado como santuario religioso en época ibérica o que su carácter sacro haya pervivido casi hasta nuestros días mediante la celebración de romerías, sino en la existencia de numerosas inscripciones realizadas a mano con pintura roja, que hace tiempo debieron cubrir todas las paredes de la Cueva y de las que hoy únicamente se conserva un pequeño lienzo.
Estas inscripciones son únicas en todo el Imperio Romano, ya que en pocos lugares se han documentado grafitos de este tipo que además atestiguan la celebración, en el área de la actual Fortuna, de varios cultos claves en el mundo romano. Además, no sólo son importantes por que documentan la existencia de cultos a diferentes divinidades, sino por que algunas de estas inscripciones están inspiradas en pasajes de la obra de Virgilio.
Los grafitos estudiados hacen referencia al culto a las Ninfas, a Baco y probablemente a la Magna Mater, ya que tres de las inscripciones están fechadas un 27 de Marzo, día en que se celebraba el ciclo festivo en honor a esta divinidad.
Son por tanto varios los datos que parecen confirmar que la Cueva Negra tuvo una gran entidad el menos durante el Alto Imperio y que su fama no debió ser únicamente local:
a) La inscripción de un Sacerdos Asculapi Ebusitani, es decir, de un sacerdote de Esculapio procedente de Ebussus (Ibiza) en un lugar alejado de las principales vías de comunicación indica que vendría a propósito a la Cueva o a los Baños cercanos, al menos desde Cartagena donde si se ha documentado un santuario en honor a esta divinidad,
b) La gran cantidad de inscripciones documentadas, lo que convierta a la Cueva en uno de los santuarios más importantes en su género de todo el Imperio y
c) La celebración de las fiestas Hilarianas, si se termina de documentar con absoluta certeza, en honor a la Magna Mater (por primera vez en la mitad occidental del Imperio aparte de Roma).
La Cueva Negra está, en época romana, íntimamente relacionado con el enclave del yacimiento de los Baños de Fortuna; muchos de los que acudieran a estos buscando su santuario y las propiedades sanadoras de sus aguas, acudía a continuación a la Cueva Negra, en donde mediante grafitos expresaban su agradecimiento a las divinidades que habían contribuido a su sanación ("agua de las ninfas otros fuegos apagáis, en cambio a mi un amor más ardiente me quema junto a las fuentes").