La historia de los municipios se remonta a la época de la reconquista cristiana. Ya en 1242 se empiezan a  configurar, primero como donaciones de terreno a señores  y Ordenes Militares, para que sigan defendiendo las fronteras conseguidas, y después como formas de administración económica y jurídica en el ámbito de los reinos hispanos.

Ya en 1245 la ciudad de Moratalla disfruta de lo que podríamos entender como un estatuto de independencia bajo la administración del maestre Santiago Pelay Pérez, convirtiéndose en término y fuero de Cuenca. Dos serían los Alcaldes ordinarios y seis los miembros de oficio del Concejo, cargos que se renovarían una vez al año, reunido este en la Iglesia de Santa María o en la Plaza, en el día de San Juan, 24 de junio.

No hay noticias de un edificio dedicado exclusivamente a las reuniones de este Concejo, o Casa Consistorial, hasta 1494. El investigador Marcial García nos extrae una nota de un documento que reza así: “Et de ally fueron a la torre que dizen de Gomez Sanchez, lo qual fallaron todo bien reparado; y, entre las dichas torres, el Conçejo fase vna Casa de Ayuntamiento muy buena, la qual esta ençima la Plaça”.

El edificio del que nos da noticia este documento, y que no habría llegado a nuestros días, estaría construido en estilo gótico, constaría de lonja o pórtico, cárcel y varias salas dedicadas a las funciones administrativas y judiciales, ya que dispondría de sala de audiencia, pues debemos entender que los alcaldes eran a su vez jueces de primera instancia, así la lonja era el lugar utilizado, en ocasiones, como estrado abierto de justicia y escenario de ejecuciones públicas, pues la Villa tenía el privilegio de horca y cuchillo.

Pero el edificio actual  es heredero de una construcción de finales del siglo XVIII propiedad de don Pedro Ramón López de Sahajosa, miembro de la más rancia oligarquía local. En la época de su construcción esta casa, rodeada de amplio jardín y edificaciones accesorias, presentaría las características propias de las casas señoriales  de este periodo, con balconadas a las cuatro fachadas y elegante escalera de mármol.

Siguió siendo un edificio privado hasta que las necesidades de espacio del concejo obligaran a éste a buscar otro lugar de reunión. Así, durante la fase final de la II República sirvió como Ayuntamiento la casa incautada a la familia Aguilera en la Calle de la República, hoy  calle Tomás Aguilera, incautada por resolución de 14 de Octubre de 1936. Acabada la Guerra, la Comisión de Recuperación devuelve a los Aguilera la casa de la Calle Corredera número 7, y se traslada al final de la Calle Victoria, actual calle Constitución.  Esta nueva Casa Consistorial, la que hoy podemos visitar, era un palacete propiedad de Doña Rosana.

El 9 de Julio de 1969 el Ayuntamiento, que hasta el momento había pagado un arrendamiento a la propietaria decidió adquirir la Casa de Doña Rosana por 755.000 pesetas. Sin embargo el 30 de Octubre de 1970, se cerró el edificio debido a su mal estado de conservación, teniendo que esperar hasta el año 1980 para su remodelación.

El estado actual del Ayuntamiento se debe a una última y reciente intervención que ha colmado tanto la rehabilitación necesaria de la edificación, como la remodelación de los espacios funcionales dedicados a administración, información y despachos para los miembros del consistorio.