Las primeras fechas documentales existentes con relación al Palacio del Concejo son del siglo XVI (entre 1509-1537), es el momento en el que se compran las casas a D. Juan y Alonso Lozano.
La edificación se comienza en el 1555 y se terminan 1558. Revisando bibliografía, intentando investigar el momento en el cual fue construido el edificio del Concejo, se puede observar que el siglo XVI comenzaba a darse '... Una nueva forma de ver la ciudad desde las casas y un nuevo aspecto de la escenografia urbana de sus calles y fachadas'. Según el investigador Fernando Marías esta idea de 'ornato y autoridad' no era nueva, pero sí la insistencia renacentista en dar una nueva imagen artística a la arquitectura de una ciudad como exteriorización de sus valores como tal y reflejo de la magnificencia de sus gobernantes.
Sus reformas fueron varias, en 1866/7 ( inscripción fachada), 1956 también se puede constatar, según el informe de un proyecto de excavación se vieron varios enlucidos de distintos yesos.
Desde su construcción fue también cárcel y cumplió este papel hasta la mitad del s. XX.
Dentro de sus muros se instalo una carnicería y un taller en el s. XVII.
Llegando el s. XIX hace de escuela (1805) y los colegios electorales también tuvieron su ubicación en 1868.
En fecha de 1970 se cierran las escuelas masculina y femenina, por el estado de ruina del edificio que en 1989 termina por derrumbarse en una parte lateral.
Se cede en 1990 al Ministerio de Justicia, con el propósito de que se instalara el Juzgado de Primera instancia y en 1997 se llevan a cabo excavaciones de urgencia ( Ureña y Hernández) y un estudio sobre el edificio.
El Ministerio de Justicia renuncia y se da de nuevo al Patrimonio Municipal, que toma la decisión de instalar el Museo Municipal de Arqueología 'Jerónimo Molina' iniciando un concurso de ideas para el mismo, que es otorgado al equipo de D. Fernando de Retes Aparicio.
