Cripta de San José
La cripta funeraria parece corresponder a una construcción de finales del siglo XVII o comienzos del XVIII. Curiosamente, los restos de la muralla púnica aparecieron al buscar los restos de la ermita. Posiblemente pertenecía a la Cofradía de San José o a la de San Juan Nepomuceno, las dos más importantes que existieron en la ermita.
En ella, la decoración pictórica, realizada una vez llevados a cabo los enterramientos que acoge la cripta ya que el enlucido sobre el que se encontraban tapaba los nichos funerarios, se puede equiparar a las danzas de la muerte medievales. Se trata de una temática que recordaba la fugacidad de la vida y, como sucede en este caso, la victoria de la muerte sobre los poderes temporales, lo que se simboliza con el esqueleto que pisa una bandera donde se dispone una corona real y una tiara pontificia.
Este tipo de criptas, habituales en la época, obedece a la función que tenían en la Edad Moderna las cofradías y hermandades de facilitar a sus componentes el tránsito hacia el ''Más Allá''. Así, los cofrades, que podían dejar en su testamento estipulado todo lo referente a su entierro, pagaban unas cuotas mediante las que, tras su fallecimiento, la cofradía se encargaba de su sepultura y de realizar las correspondientes misas en sufragio por su alma. La práctica de enterrar en las iglesias y en las criptas de las diferentes cofradías desaparecería en los primeros años del siglo XIX.