Hubo dos iglesias distintas, la primitiva, que se conservó  hasta 1721, y la renovada, que surgió a partir de esa fecha y cuyos restos han llegado a nuestros días.

El edificio primitivo fue construyéndose por etapas, dada la pobreza y falta de medios, aunque a principios del XVII ya estaba más o menos finalizado. La modestia de los frailes y la escasez de recursos condicionaron la edificación del monasterio, aunque en la iglesia se empleara cierta magnificencia.

Marcial dice que por los pocos indicios documentales y materiales disponibles, se puede asegurar que el edificio conventual constaba de dos pisos sobre planta irregular, con atrio de entrada, escalera monumental y pequeño patio o claustro.

El convento e iglesia primitivos

La iglesia era de una sola nave con crucero insinuado ¿ochavo- y capillas laterales. La Capilla mayor, con sus anexas de la Epístola y Evangelio, estaba separada del resto de la nave por unas verjas que se reflejan en los documentos. En ella tenían capilla y altares familias locales. El conjunto presentaría el aspecto común de los conventos franciscanos murcianos, con pocos alardes artísticos exteriores.

Las dependencias conventuales participaban de esta pobreza arquitectónica, en parte por fidelidad a la Regla y en parte obligados por las circunstancias económicas.

El aspecto definitivo del Convento se conseguiría en la primera mitad del siglo XVIII, con las obras iniciadas en 1721 por el Guardián Fray Nicolás de Alburquerque.

La cabecera de la iglesia se modifica con la construcción de un camarín ochavado, en 1744, para la Inmaculada, en cuyos bajos se instala un panteón. Este camarín formaba cuerpo aparte de la iglesia. En 1768 se encarga un nuevo Retablo Mayor a Miguel Calzado.

Marcial García pública en su libro sobre el Convento de San Francisco bajo la advocación de San Sebastián, tres planos de la iglesia, de cubierta, planta primera y planta baja, en este último plano se especifica la distribución de las capillas y las de ubicación imprecisa. Estos planos hacen referencia a cómo debió ser la iglesia antes de su demolición, tras la cual sólo se salvó la torre, la fachada principal, y dos crujías.

Capilla de Terceros

La ubicación de esta Capilla no ofrece duda porque un decreto municipal señala que estaba bajo la torre. Esta Capilla era la sede oficial de la Venerable Orden Tercera de Penitencia y su titular era San Francisco. Extinguida la Comunidad en la Villa, la Capilla, previo permiso del Vicario Santiaguista de Caravaca, se suprime para dar entrada por ella a la torre, que hasta la fecha la tenía por el coro.

Escalera de la Tota Pulchra

En la escalera que comunicaba las plantas alta y baja del convento, cuyos restos están en casa de Doña Josefa López Navarro, en el 'tránsito', se veneraba una imagen de la Inmaculada, seguramente la Tota Pulchra.

La iglesia actual

Rubio Heredia (Cosas de Moratalla), que pudo conocer noticias de los Libros Capitulares del Concejo, hoy perdidos, señala que se hizo amplia reforma, estando terminada la nueva fachada y torre en 1733. Así lo ratifica una inscripción rudimentaria sobre el enfoscado del mampuesto, bajo el reloj: 'Se remató año de 1733 siendo Guardián el Muy Reverendo Padre Fray Joseph (Tomás y Montijo) Predicador general'.

Tras la demolición de la iglesia sólo se salvó la torre, la fachada principal, y dos crujías.

La portada

La portada de la iglesia emplea jaspes negros, grises y rojos de Cehegín. La decoración arquitectónica traza cornisas, frontones, remates, adornos y hornacinas. Los adornos se reducen a formas vegetales, estilizadas en espirales y hojarasca de ascendencia heráldica, muy similares a los trabajos contemporáneos del Santuario de la Cruza de Caravaca, algunas molduras geométricas, veneras y rosetas. Los remates, cruz y pináculos, están realizados en jaspe rojo, que da una leve nota de colorido en el austero conjunto. Las hornacinas están destinadas a San Francisco, la inferior, y San Sebastián, la superior, como titulares de la Orden y Convento. Rematan el adorno dos funcionales ventanales, que recogen la luz natural, y una amplia puerta doble, de madera claveteada, que es tránsito a un cancel, también de madera. En el friso, sobre la puerta principal, hay restos picados de una inscripción en la que se puede advertir: 'Acauose esta obra SINDO Guardian (...) natural desta Villa Año de 1737'.

La torre

La torre tiene cuatro cuerpos decrecientes, adornados con resaltes de ladrillo macizo. El primero presenta estructura maciza, con refuerzo de grandes pedruscos que sirven de cimentación. El segundo y tercero disponen de pequeñas aberturas para iluminar la escalera interior. El tercero, además, en su cara Oeste tiene el añadido de una esfera de Reloj Municipal que había construido en 1536 el Maestro Sabañán, en Murcia. El cuarto está abierto a los cuatro vientos con vanos para campanas, de las que sólo conserva una. Se cubre con tejado piramidal, con tejas vidriadas y buhardilla, rematado por una vistosa veleta de forja.