El patrimonio religioso que guarda la iglesia de San Juan Evangelista en su interior es muy rico. Nada más entrar, a la izquierda, en la capilla del Baptisterio, nos topamos con un retablo de mediano tamaño que está presidido por una imagen de Nuestra Señora del Rosario con el Niño en brazos. También hay un San Francisco con Jesús en la cruz, actualmente situado en la nave de la Epístola.
A continuación de la capilla anterior, se encuentra un pequeño retablo neobarroco con la talla de San Roque, de Federico Coullant Valera de 1941.
En la Capilla de las Ánimas, hay una escultura del Cristo Crucificado, obra de García Mengual elaborada hacia 1950.
En el crucero un pequeño retablo alberga la figura de Cristo atado a la columna (en el momento de la flagelación), de tipo Salzillesco; en la peana aparece el nombre de Francisco Sánchez Tapia y es de 1898. Se trata de una imagen en madera policromada, restaurada en dos ocasiones por García Mengual.
El Altar Mayor está presidido por el gran retablo pintado en 1978 y otro retablo en mármol donde se alberga la escultura en madera policromada de San Juan, santo titular de la iglesia, de Tomás Parés de 1942 .
Las pinturas que decoran la iglesia son al fresco y fueron realizadas en 1968 por el pintor lorquino Manuel Muñoz Barberán. En la cúpula desarrolla el tema de la Asunción de la Virgen. En la cubierta de la cabecera se muestra un pasaje del Apocalipsis, mientras que en las pechinas se representan a los evangelistas San Lucas y San Juan; las otras dos quedaron inconclusas por negativa de Barberán a seguir ante el terremoto sufrido. Actualmente son dos medallones, uno con la cruz de Santiago y el otro con un cáliz.
También destaca la Virgen de los Dolores, imagen de vestir realizada por José María Ponsoda y Bravo de 1942 y una escultura de vestir de Nuestro Padre Jesús Nazareno (1943), de Sánchez Lozano.
