Fortuna constituye uno de los municipios termales más antiguos de España. El pasado histórico de Fortuna se remonta a la Prehistoria con los asentamientos humanos en Rambla Salada, Cabezo de la Mesa y Barranco de la Higuera. La cultura ibérica está representada por los santuarios del Castillico de las Peñas y del Castillejo de los Baños, con una necrópolis de grandes tumbas.
La Cueva Negra constituye el yacimiento más importante de Fortuna. El hábitat fue un abrigo prehistórico y un santuario íbero y romano de culto a las ninfas por la propiedad curativa de sus aguas. El legado romano de la Cueva Negra se atestigua en las inscripciones realizadas en sus paredes exteriores por los peregrinos. La vida termal de Fortuna guarda sus orígenes en el Santuario de las Aguas, construido por los romanos tras el descubrimiento de un manantial de agua natural con propiedades terapéuticas. El Santuario está integrado por una hospedería, un pasillo deambulatorio y una piscina con grados. Los pacientes peregrinaban a la Cueva Negra, tras su tratamiento termal, en agradecimiento a las ninfas por su curación.
El Santuario de las Aguas paralizó su actividad después del incendio del siglo V y entró en decadencia durante la etapa visigoda. Los musulmanes reactivaron la actividad termal del Santuario con la restauración del antiguo complejo en el siglo XII. Los castellanos levantaron en el siglo XVII una nueva hospedería y una ermita. En el siglo XIX, el antiguo Santuario fue abandonado y sustituido por uno nuevo con el descubrimiento de otro manantial de agua natural y la construcción del Hotel Balneario.