Aunque la conquista del reino de Murcia se produjo en el año 1243, los acontecimientos que facilitaron su incorporación a la Corona de Castilla se habían iniciado años antes. Durante la década de 1230, el reino taifa de Murcia pasaba por un período de desintegración, facilitando a los castellanos su avance por el sureste y la anexión de ciudades y territorios que antes habían pertenecido a los musulmanes.
Durante esos años se conquista la Sierra de Segura, perteneciente a Jaén, mientras que tropas castellanas ocupaban plazas fuertes granadinas (Huéscar, Orce, etc.) en un intento de separar físicamente el reino de granada y el emirato murciano, reino con el que Castilla tenía una relación amistosa y un pacto de no intervención. En los años posteriores continuaron las acciones militares castellanas que continuaban anexionando nuevos territorios en el reino de Murcia. En los inicios de 1243, el emir murciano envía a Toledo a sus representantes para entrevistarse con el infante don Alfonso para pactar la forma de someterse al Protectorado de Castilla.
El Pacto de Alcaraz
El tratado de Alcaraz de 1243 acordó la entrega al monarca castellano de la mitad de las rentas del emirato y el permiso para establecer una guarnición en todas las fortalezas; a cambio, los castellanos brindaban protección militar y respetar las propiedades de todos los musulmanes, así como el mantenimiento de su religión. Sin embargo, no todas las ciudades se unieron al pacto de manera amistosa: Cartagena, Lorca y Mula opusieron resistencia a los castellanos. Los primeros terminaron por rendirse tras las numerosas cabalgadas castellanas que devastaron el campo de Cartagena; Lorca terminó por pactar una rendición amistosa, mientras que Mula, que continuó resistiendo por un tiempo, terminó por someterse a los castellanos. Sin embargo, y debido a su oposición a los castellanos, los musulmanes de Mula fueron expulsados de sus tierras, a excepción de unas pocas familias que se establecieron en los arrabales de la ciudad.
La sublevación mudéjar
La monarquía castellana inició, con el Pacto de Alcaraz, el reparto de tierras entre los colaboradores de la Reconquista. Con la subida al trono del rey Alfonso X, este proceso se acelera, afectando a los pobladores musulmanes que vieron cómo las condiciones establecidas en el pacto eran vulneradas sistemáticamente por los castellanos. Esto provocó en 1264 el levantamiento general de los mudéjares murcianos; aunque en un muchas poblaciones, donde la población mayoritaria era cristiana, la sublevación fracasó, en otras como Lorca (a excepción del castillo donde una guarnición castellana resistió), Murcia o Moratalla fue un éxito.
Los castellanos se vieron obligados a pedir ayuda a Aragón, que no se hizo efectiva hasta dos años después. Tras realizar expediciones de saqueo, las tropas aragonesas cercaron en enero de 1266 la capital murciana, que terminó por rendirse en condiciones similares a las de Alcaraz; respeto de vidas y costumbres, aunque esto último fue una vez más vulnerado al poco tiempo al consagrar la mezquita como iglesia Catedral. Conquistada Murcia, la caída de Alhama y las demás fortalezas hasta Lorca fue cuestión de días, finalizando la etapa de Protectorado castellano y produciéndose la incorporación definitiva a la Corona de Castilla.