La repoblación de Mula
Reconquistada la plaza de Mula por el Infante don Alfonso, la asimilación que la Corona de Castilla hizo sobre Mula formó parte de lo acordado en el Pacto de Alcaraz, tratado que afectaba a todo el territorio murciano. Sin embargo, Mula gozó de ciertos privilegios derivados de la aplicación del Fuero de Córdoba; así, pasaba a ser villa de realengo, al tiempo que se le eximía de ciertos impuestos. El Fuero de Córdoba rezaba: "ayais e tengais pendón e sello e que no pagueis portazgo no peaje en todo el reino mío salvo en Murcia e en Toledo". Mula quedaba así dentro de las estimaciones más generosas de la Corona de Castilla hacia un territorio, como el murciano, que entraba dentro de todo un plan de repoblación cristiana.
La concesión de estos privilegios era una norma común en aquellos territorios que era necesario repoblar; el reino de Murcia, recién conquistado a los musulmanes, era territorio de frontera. Además, la despoblación que sufre tras la expulsión de parte de la población mudéjar, la había especialmente vulnerable a ataques. Por esta razón, los reyes castellanos intentan a animar la ocupación de estos territorios, expuestos a peligros (no sólo militares), a cambio de beneficios fiscales e incluso penales.
Conflictos civiles e intervención aragonesa
El enfrentamiento entre los herederos de la Corona de Castilla inicia un período convulso que fue aprovechado en 1296 por el rey aragonés Jaime I; en ese año, aprovechando los conflictos castellanos, entraba en Murcia. Mula se sometió al rey aragonés hasta que en 1298 los castellanos expulsan a la guarnición aragonesa.
De vuelta a manos castellanas, Mula vivió en el siglo XIV diversos avatares. Las epidemias de peste y las hambrunas incidirían negativamente en su desarrollo demográfico y económico. Pero, sin duda, el hecho más sobresaliente durante este siglo fue en el año 1333 cuando Alfonso Yánez Fajardo compra la villa. Mula deja de ser ciudad de realengo pasando desde su adquisición por la familia Fajardo a ser lugar de señoría de una de las familias más importantes en la Historia de Murcia.