De la Prehistoria a la romanización
El período de máximo apogeo en el Cerro de Almagra es el que transcurre entre los siglos III al VI d. C. Los restos de edificios documentados en las excavaciones, las tumbas halladas y la mayor parte de los materiales cerámicos en superficie apuntan a esta cronología. Sin embargo, las excelentes cualidades geoestratégicas del cerro (su fácil defensa, proximidad a recursos hídricos y control de vías de comunicación) lo convierten en un lugar propicio para su poblamiento desde la Prehistoria. Aunque no se han encontrado restos cerámicos que lo demuestren, parece ser que podría haber poblamiento argárico en el cerro de La Almagra. Sí se han hallado materiales arqueológicos ibéricos y, sobre todo, de tradición ibérica (época altoimperial).
Antigüedad tardía y época visigoda
Es el mundo romano el mejor conocido. Aunque hay materiales fechados en el siglo II d.C., la mayor parte de ellos corresponden a la Antigüedad tardía (s. IV-VI d.C.), durante la cual debieron construirse o reconstruirse las defensas, tal como ocurre en Begastri, ciudad situada a escasos 20 kms. de La Almagra. Tras la desintegración del Imperio Romano de Occidente se produce la consolidación del dominio visigodo en la Península Ibérica. La Almagra, junto a Begastri o Carthago Nova, pasan a ser ciudades del nuevo reino. A este período (siglo VII d.C.) corresponden las tumbas excavadas en el yacimiento, junto al edificio cultual.
La Almagra funcionó durante este tiempo como uno de los puntales de la defensa de la frontera del reino visigodo frente a los bizantinos, que unas décadas atrás habían conquistado buena parte del sudeste peninsular. Fue una época convulsa, de continuas escaramuzas en la frontera; seguramente, el reforzamiento apresurado que se constata en la muralla del Cerro de la Almagra data de esta época, en un contexto de continuos enfrentamientos entre bizantinos y visigodos.
La desaparición de la ciudad
A partir del 711, con la conquista musulmana de la Península Ibérica, se inicia la decadencia de la ciudad de La Almagra; aunque, al contrario de otros muchos lugares, La Almagra, junto a otros seis núcleos urbanos, logró mantener ciertos privilegios a cambio del pago de un tributo anual en metálico y especie (conocido como Pacto de Tudmir), la decadencia de la ciudad era imparable. La población fue abandonándola poco a poco, el mantenimiento de edificios, tanto públicos como privados, fue abandonándose y la muralla destruida. Al tiempo que se producía el abandono de La Almagra, un nuevo núcleo urbano crecía y se desarrollaba bajo el emplazamiento del actual casco urbano de Mula, quedando ya, a finales del siglo IX, el cerro de la Almagra completamente abandonado y sirviendo sus ruinas como cantera para la construcción de nuevos edificios en Mula, Puebla de Mula y los Baños.
