El 13 de junio, cuando la epidemia había decrecido bastante, se presentan en la ciudad varios frailes de diferentes órdenes, quienes dicen que vienen a ejercer su sagrado ministerio y administrar los Santos Sacramentos, y el Alcalde ordena sean alojados en los conventos de la población, en los cuales, en el que más, quedaban tres religiosos por haber sido atacados por la peste el resto de la comunidad. En periodo del decrecimiento de la epidemia, la gente que se había refugiado en el campo y padecía de grandes privaciones, se moviliza para internarse en la ciudad, pero el Alcalde les hace saber que la peste no había terminado por completo, que se guardaran de toda comunicación con los que salían de Cartagena y que, hasta que no fuese reconocida y publicada la total desaparición del contagio y buena salud, quedaba prohibida la entrada en la población, a no ser con permiso especial, bajo la pena de vergüenza pública a las personas que no fueran principales y quinientos ducados a las que lo fueran. Lo único que se les permitió fue acercarse a la ciudad a proveerse, desde fuera de los muros, de víveres, enseres o de lo que hubiesen menester, trayendo dinero para ello. Ordenóse a los guardas de la salud que, a los que intentaran desobedecer lo mandado se le intimidara por tres veces a retirarse y, de no hacerlo, se les disparasen las armas.
El día 20 de julio, se pregona por calles y plazas que nadie use ni guarde ropas que hayan usado los muertos o convalecientes, debiendo tirarlas a la calle para ser recogidas y quemadas por empleados municipales encargados de tan peligroso servicio, conminando con el castigo de vergüenza pública, cediendo la multa de un ducado a los denunciadores. Este mismo día, ordena el Concejo que se queme una casa situada por fuera de la Serreta, considerándola como un peligroso foco de infección, por haber fallecido en ella toda la familia que la habitaba y haberse instalado en ella gentes que morían a los dos o tres días de estar albergados. La casa fue reducida a cenizas, con todas las ropas, muebles y enseres existentes en ella. Por reales provisiones, fueron nombrados Alcalde de Cartagena D. Diego Bienvengud Feliciano, y Corregidor del Reino, el Licenciado D. Fernando de Saavedra, caballero de Santiago, quien mostrando deseos de venir a esta ciudad a tomar posesión de su Corregimiento, escribe en este sentido al Alcalde, y éste le contesta que venga lo antes posible y designa por su morada un edificio, propiedad de D.ª María Calatayud, situado en la calle que en la actualidad se llama de Ignacio García, casa que fue la única en toda Cartagena que se libró del contagio.
El 31 de julio, hacía ya varios días que no se registraban ninguna invasión ni defunción por causa de la peste, y en tal día, llega a la ciudad el Sr. Corregidor, jura solemnemente el cargo en la Casa Consistorial, nombra por Alcalde Mayor, en lugar de Bienvengud, al Doctor D. Jacinto Serrano Vázquez, quien reproduce las órdenes dadas por el Ayuntamiento, prohibiendo la entrada y salida de la población de gentes sospechosas, manda limpiar las calles, vigilar de cerca a los convalecientes, enterrar, en vez de quemar, las ropas de los que murieron y que, por un egoísmo mal entendido, se conservaban todavía en las casas de los apestados y, habiéndose quejado el cura de la ermita de Santa María de Gracia del hedor que exhalaba el cementerio, por no estar bien enterrados los cadáveres, ordena que, sin pérdida de tiempo (cosa que no se hizo hasta finales de agosto), se cubra con cal y tierra las fosas y se terraplenen para que en caso de lluvia pudieran correr las aguas libremente.
Después de permanecer en Cartagena cuatro días el Corregidor, partióse para Murcia, no sin haber cobrado al Ayuntamiento los ciento cincuenta ducados que el Rey le había señalado como salario anual. En negocios pertenecientes a la ciudad de Murcia su regidor D. Pedro Pacheco Loaisa, se encontraba en Madrid, y escribió a la de Cartagena, dándole la grata nueva de que el Rey había concedido, por cuatro años, franqueza de todos los pechos sobre cualquier género de mantenimientos a las ciudades de Murcia y Cartagena, pero el día 10 de agosto se sufre un gran desencanto al recibirse la copia de la franqueza, en la que, en vez de ser por cuatro años, no era más que hasta el último día del mes de octubre. Entendiendo la ciudad que esto era un beneficio, dadas las circunstancias por las que atravesaba, hizo que se pregonase la dicha franqueza con las formalidades de rúbrica y sirviera de alivio y consuelo a los habitantes y estantes de la población.
