No consta de una manera concreta el número de víctimas que  produjo la peste, pero su despoblación se hizo notar en los sentidos memoriales dirigidos por el Ayuntamiento al Rey y a sus consejeros, pidiendo auxilio y su protección, haciendo en ello constar que para volver a formar las compañías de la ciudad no había hombres bastantes. Los señores regidores calculaban que debieron morir más de mil quinientas personas, quedando reducida la población a unas seiscientas almas. Fueron muchas las casas que por largo tiempo permanecieron cerradas y sin moradores y, por orden de Concejo, se abrieron y quemaron en el Almarjal cuantos muebles, ropas y enseres había en ellas.

    El día 4 de enero de 1649, debiendo partir para Madrid los regidores Castañeda y Haro a suplicar al rey se dignase dar un privilegio de franqueza para que se repueble la Ciudad y aumente el comercio por mar y tierra, manda el Alcalde que se le de una relación del número y nombre de los vecinos que componen las compañías de la Ciudad para defensa de ella y se enteren en la corte del escaso número de hombres existentes en la población.

    El día 15, acuerda el Cabildo que, siendo el siguiente el día de San Fulgencio, patrono de la ciudad, que desde tiempo inmemorial se celebra su fiesta, no teniendo purificada la Iglesia Mayor para poder celebrarla, se acuerda dejarlo para el día 24 en la Iglesia del Convento de San Leandro, para lo cual se escribe al provisor rogándole lo permita y dé las órdenes oportunas al cura de dicho templo y se invite al acto a todos los prelados de los conventos, para que con todos sus religiosos, asistan al acto.

    Necesidad de recuperar la ciudad

    El día 30 de julio de 1650, siendo Alcalde el Licenciado D. Antonio Valcárcel, en el Cabildo celebrado este día, dicen los regidores D. Ignacio Preve y D. Diego Bienvengud que han leido un discurso fundado en derecho, que ha compuesto el Licenciado D. Fernando de Amaya, abogado y vecino natural de esta Ciudad, y en él habla de la fundación del Obispado de esta ciudad, desembarco en ella de Santiago y otros detalles, y sobre el derecho que se tiene a que el Obispado resida en Cartagena y añade que Cartagena se halla muy menoscabada de gentes y de tratos y comercio por la mortandad que hubo en ella de la peste del año pasado de 1648, de que murieron, en cosa de tres meses, más de catorce mil personas, sin que por ello se le haya hecho ningún alivio de derecho, sino que antes se ha mandado que se administren las alcabalas, cobrando el diez por ciento de forasteros y vecinos, siendo todos francos por los privilegios confirmados y mandados guardar por todos los reyes de gloriosa memoria, hasta el rey Nuestro Señor Felipe IV, que Dios guarde, y habiéndose poblado con la franqueza de ellos, son de parecer que, para que esta ciudad vuelva a poblarse y tener gente con quien se guarde y defienda de los enemigos y no se acabe de despoblar, que se envíe persona a Madrid con la dicha información en derecho y, suplique a S. M. con ella en el Real Consejo y donde más convenga, poniéndole si fuera necesario por justicia. Este acuerdo no fue cumplimentado.