Junto al régimen y gobierno de las villas, la hacienda es el elemento fundamental de la administración marquesal. A lo largo del tiempo, el marqués de los Vélez acumuló derechos y privilegios que le permitían cobrar alcabalas, diezmos y rentas en cada una de las villas de su Estado, además de disponer de un amplio caudal de bienes raíces en cada una de ellas.
La administración y registro de todos estos derechos económicos se realizaba en la Contaduría Mayor, situada en 1635 en la villa de Mula. Al frente de ella se encontraba el Contador Mayor.
La hacienda estaba organizada por villas. Las rentas principales son alcabalas y tercias decimales, además de las rentas de las tierras o bienes de producción arrendados (molinos, hornos, etc.). Asimismo presenta derechos económicos como carcelería, castillería, contaduría, secretaría, de la romana e incluso un gravamen de origen y aspecto medieval como es el pago de una gallina por los vecinos de determinadas villas.
Un aspecto particularmente importante son las minas de alumbre de Mazarrón. Aunque en el siglo XVII ya estaban agotadas, conviene recordar su importancia histórica. El derecho de explotación de los «mineros de alumbre» fue concedido por Enrique IV en 1462 a Juan Pacheco, marqués de Villena, a partes iguales con Pedro Fajardo Quesada, adelantado de Murcia.
De la explotación de las minas de alumbre los adelantados de Murcia y después los marqueses de los Vélez obtuvieron gran parte del dinero necesario para su amplio programa constructivo, realizado en un periodo muy corto, en el que destacamos la capilla funeraria de la Catedral de Murcia, el castillo de Mula y el castillo de Vélez Blanco.