Cambio de siglo y de religión
La aljama mudéjar de Ceutí comenzó el siglo XVI con un cambio brusco, ya que tras la rebelión de las Alpujarras de 1499 y la posterior conversión forzosa de los mudéjares granadinos bajo pena de expulsión, los musulmanes murcianos decidieron convertirse voluntariamente al cristianismo en 1501. Ello llevaba aparejado la transformación de la mezquita en iglesia de culto cristiano. Al inicio del siglo XVI Ceutí vio aumentado su número de vecinos, gracias a la emigración de musulmanes andaluces tras la represión del levantamiento de las Alpujarras, llegando a los 170 habitantes. A lo largo de la centuria el número de vecinos aumentó constantemente, alcanzando la cifra de las 328 almas en las postrimerías del quinientos.
Caída demográfica
El siglo siguiente fue de clara y profunda crisis demográfica, debido a varios factores. Primeramente, la expulsión de los moriscos murcianos en 1613, tras el decreto de Felipe III, ocasionó que la población decayese hasta los poco más de 100 habitantes en 1620. A ello se le sumaron las epidemias de peste, como la de 1648. En esta fecha, los vecinos se encomendaron a San Roque para que detuviese la plaga. Desde esos momentos San Roque es patrón de Ceutí. También hicieron estragos las epidemias de paludismo, debido al cultivo del arroz. Finalmente, los desastres naturales como la riada de San Calixto de 1651 incidieron en el acusado descenso de la población ceutiense. Todas estas calamidades dieron como resultado la casi despoblación de la villa en la segunda mitad del siglo XVII, siendo causa directa de la situación de abandono y ruina que presentaba la iglesia parroquial, la cual hubo de ser remodelada.
El siglo XVIII comenzó igual que había finalizado el anterior para Ceutí. La población no pasó del centenar de habitantes, hasta que en 1720 fue suprimido el cultivo de arroz, que llevaba aparejado la extensión de enfermedades como el paludismo. A raíz de este hecho, la población aumentó a lo largo de la centuria, aunque no sin altibajos, hasta alcanzar los 700 habitantes a finales del setecientos.
En la Edad Moderna, Ceutí fue una villa agrícola dedicada al cultivo de cereales y legumbres, principalmente, aunque no faltaron las moreras para la obtención de la seda y frutales como los naranjos y limoneros. Ceutí, como señorío jurisdiccional, se encontraba dividido entre dos familias tras la muerte de Pedro de Claramunt y sus hijos. Ceutí funcionó como si de dos pueblos distintos se tratase. Las condiciones de los vasallos fueron mejorando con el transcurso de los años, aunque algunas veces hubo de pleitear duramente con el fin de arrancar del poder jurisdiccional de los señores una mayor capacidad de decisión del Concejo.
