La separación del señorío
En su testamento, Fernando Ayala dejaba como única herencia a sus cinco hijos el señorío de Albudeite. Como el señorío era indivisible en cinco partes iguales se decidió su venta. En 1510, Luis de Guzmán se convirtió en señor de Albudeite por comprar las distintas partes a sus poseedores. El acuerdo de compra contemplaba un matrimonio concertado entre el hijo de Guzmán y una hija de los Ayala. El mayorazgo con primacía masculina en la sucesión y permanencia del apellido Guzmán duró sólo dos generaciones. Al casarse su nieta con Juan Fajardo se incumplieron ambas cláusulas. Albudeite quedaría entonces integrado al resto de posesiones del poderoso Fajardo. La iglesia parroquial de Nuestra Señora de los Remedios empezó a construirse en el siglo XVI sobre la cimentación de la antigua mezquita. La obra se realizó con sillares de piedra de jaspe muleño. En el interior del templo se guarda una virgen de madera tallada en el siglo XVII.
Tras la expulsión de los moriscos se produjo en Albudeite un fenómeno de reflujo y muchos de los expulsados volvieron clandestinamente. Esto queda demostrado con el hecho de que en 1612 y en 1620 el número de habitantes ascendía a 318, prácticamente el mismo que antes de la expulsión. Esta circunstancia no se dio en muchos lugares de la Región de Murcia. Existieron pueblos que quedaron prácticamente deshabitados, pese a los intentos de repoblación cristiana. Es de suponer que en Albudeite, la mayor parte de los moriscos volvieron a ocupar sus casas y tierras, lo cual produjo ciertas peculiaridades en sus gentes. En 1652 padeció las trágicas consecuencias de la riada de San Calixto, que destrozó la iglesia de Nuestra Señora de los Remedios y las casas y bancales más próximos al cauce del río Mula.
Siglo XVIII
A principios del XVIII, Josefa Puxmarín Fajardo recibió del monarca Felipe V el título de condesa de Montealegre. A su sucesor, don José Puxmarín Fajardo, se le concedió el de marqués de la villa de Albudeite. La Historia y la vida cotidiana de Albudeite cambió poco en dos siglos, subyugada por el señorío nobiliario. En el censo del marqués de la Ensenada, elaborado entre 1755-56, la población ascendía a 226 vecinos, equivalente a 913 habitantes. Las profesiones que desempeñaban los albudeiteros eran variadas, pero la mayoría de ellos eran jornaleros del campo y artesanos del esparto.
