Científica y metodológicamente no existen diferencias entre arqueología terrestre o subacuática, submarina, marítima, náutica… sí será diferente el objeto de estudio de cada una de estas “ramas” en cuanto a la procedencia de los materiales o estructuras arqueológicas: subacuática (agua salada y dulce) o submarina (sólo salada) o náutica (los instrumentos y embarcaciones construidas por el hombre, sea cual sea su procedencia).

     Este medio físico húmedo provocará unos efectos químicos y biológicos distintos a los que acontecen en superficie sobre los distintos objetos arqueológicos y que afectarán tanto a su evolución a través de los siglos como a su recuperación y futura conservación.

     Y por supuesto, implica una ADAPTACIÓN AL MEDIO diferente para el arqueólogo, ahora nos encontramos en un entorno subacuático hostil al ser humano que requiere de unas técnicas y medios específicos para acceder y trabajar en él.

     Por todo ello, el método científico que regirá esta disciplina será el mismo que para todas las Arqueologías, el estudio sistemático de los elementos pertenecientes a la cultura material del ser humano a lo largo de su existencia y anterior a los últimos cien años y que, en este caso y por diversas circunstancias, se encuentra saturado de agua, sumergido en mares, ríos, lagos, pantanos, fosas, lodazales… o cualquier medio húmedo que ha afectado a su estructura química de una manera determinada.

     Este método consistirá en el estudio de los citados materiales, arquitecturas y zonas mediante ciertas técnicas que pasamos a definir someramente enumerando sus distintas fases: Estudio y Documentación previas, aplicamos el método hipotético deductivo basado en conocimientos anteriores; Prospecciones visuales y con métodos geofísicos para delimitar áreas de presencia arqueológica; Excavación propiamente dicha, en ella será necesario el apoyo de ciencias auxiliares como la topografía, biología, geología, restauración, estadística, medicina forense, análisis de suelos… y por supuesto, un conocimiento histórico para acometer el trabajo con garantías de su correcta documentación y contextualización, ya que además de la posterior publicación y divulgación de los conocimientos obtenidos, debemos seguir unas pautas de excavación aplicando el método Harris de documentación estratigráfica, el estudio por capas siguiendo un orden cronológico y debidamente documentadas con dibujo arqueológico y fotografía. Además de la división del campo de trabajo en una gran superficie cuadriculada y numerada.

     El fondo subacuático y el agua dificultan sobremanera el hecho de seguir el método estratigráfico por cuestiones obvias, aunque en la mayoría de los casos nos enfrentamos a un único pecio o hundimiento del que habrá también que definir sus diferentes estratos. Sí es perfectamente aplicable la cuadriculación del yacimiento con hilos y picas, como en tierra. Además, los métodos de extracción y conservación deberán adaptarse a estas condiciones especiales húmedas.

José Rodríguez Iborra